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万見
- EMDB-38913: Focus refinement map of PSII-CAC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38913
タイトルFocus refinement map of PSII-CAC
マップデータFocus refinement map of 6CAC of PSII-CAC from Rhodomonas salina
試料
  • 複合体: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein
    • Other: CAC antenna
キーワードPhotosystem II associated with CAC antenna from Rhodomonas Salina / PHOTOSYNTHESIS
生物種Rhodomonas salina (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Si L / Li M
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the distinct core-antenna assembly of cryptophyte photosystem II.
著者: Long Si / Shumeng Zhang / Xiaodong Su / Mei Li /
要旨: Photosystem II (PSII) catalyzes the light-driven charge separation and water oxidation reactions of photosynthesis. Eukaryotic PSII core is usually associated with membrane-embedded light-harvesting ...Photosystem II (PSII) catalyzes the light-driven charge separation and water oxidation reactions of photosynthesis. Eukaryotic PSII core is usually associated with membrane-embedded light-harvesting antennae, which greatly increase the absorbance cross-section of the core. The peripheral antennae in different phototrophs vary considerably in protein composition and arrangement. Photosynthetic cryptophytes possess chlorophyll a/c binding proteins (CACs) that serve as their antennae. How these CACs assemble with the PSII core remains unclear. Here, we report the 2.57-Å resolution structure of cryptophyte PSII-CAC purified from cells at nitrogen-limited stationary growth phase. We show that each monomer of the PSII homodimer contains a core complex, six chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and a previously unseen chlorophyll-binding protein (termed CAL-II). Six CACs are arranged as a double-layered arc-shaped non-parallel belt, and two such belts attach to the dimeric core from opposite sides. The CAL-II simultaneously interacts with a number of core subunits and five CACs. The distinct organization of CACs and the presence of CAL-II may play a critical role in stabilizing the dimeric PSII-CAC complex under stress conditions. Our study provides mechanistic insights into the assembly and function of the PSII-CAC complex as well as the possible adaptation of cryptophytes in response to environmental stresses.
履歴
登録2024年1月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38913.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focus refinement map of 6CAC of PSII-CAC from Rhodomonas salina
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 416 pix.
= 432.653 Å		1.04 Å/pix.
x 416 pix.
= 432.653 Å		1.04 Å/pix.
x 416 pix.
= 432.653 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04003 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0239
最小 - 最大-0.07745012 - 0.17350091
平均 (標準偏差)0.0000544882 (±0.001706374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 432.65326 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38913_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38913_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding p...

全体名称: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein
要素
  • 複合体: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein
    • Other: CAC antenna

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超分子 #1: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding p...

超分子名称: Inactive Photosystem II associated with chlorophyll a/c binding protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)

-
分子 #1: CAC antenna

分子名称: CAC antenna / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
配列文字列:
NO

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6jlu

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123227
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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