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- PDB-8xk7: binary complex of DNA polymerase SFM4-3 recognizing C2 methyoxy n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xk7
タイトルbinary complex of DNA polymerase SFM4-3 recognizing C2 methyoxy nucleotide
要素
  • DNA polymerase I, thermostable
  • DNA(5'-D(*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*OMG)-3')
  • DNA(5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*OMG)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / 5'-3' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wen, C. / Liu, H. / Yang, L. / Gong, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for C2'-methoxy Recognition by DNA Polymerases and Function Improvement.
著者: Wen, C. / Wang, G. / Yang, L. / Chen, T. / Liu, H. / Gong, W.
履歴
登録2023年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, thermostable
B: DNA(5'-D(*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*OMG)-3')
C: DNA(5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*OMG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3269
ポリマ－71,7423
非ポリマー5846
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.610, 65.628, 107.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / Taq polymerase 1


分子量: 62465.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: polA, pol1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA(5'-D(*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*OMG)-3')


分子量: 5283.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA(5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*OMG)-3')


分子量: 3992.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 352分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 55909 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.974 / CC star: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 1.29 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 343365
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.036.30.58627770.9150.9780.2550.640.54199.7
2.03-2.076.30.53728240.9270.9810.2330.5860.57699.8
2.07-2.116.30.47527890.950.9870.2060.5190.59499.5
2.11-2.156.20.39427770.9550.9880.1720.4310.62499.2
2.15-2.26.20.35728090.9720.9930.1560.390.63799
2.2-2.256.20.30827720.970.9920.1350.3370.7298.8
2.25-2.316.10.28827320.9630.990.1270.3150.80498
2.31-2.375.70.25727430.9630.990.1190.2840.85796.3
2.37-2.445.80.23427350.9690.9920.1060.2570.93797.9
2.44-2.526.50.22228320.9750.9940.0950.2411.06599.8
2.52-2.616.40.20827850.9750.9940.0890.2261.11499.8
2.61-2.716.40.19128240.9790.9950.0820.2081.26399.8
2.71-2.846.30.17328270.9790.9950.0750.1891.32199.6
2.84-2.996.30.15728200.9820.9950.0690.1711.46399.4
2.99-3.176.10.14227730.9850.9960.0630.1561.799.2
3.17-3.425.70.12827660.9850.9960.0590.1412.07396.8
3.42-3.7660.11527870.9870.9970.0520.1272.25398.6
3.76-4.316.30.10928420.9880.9970.0480.122.44399.5
4.31-5.436.10.10628390.9880.9970.0470.1162.3799.3
5.43-505.60.10628560.9890.9970.0490.1172.6196.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→24.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.568 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2311 2832 5.1 %RANDOM
Rwork0.19151 ---
obs0.19347 53014 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.354 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.66 Å2-0 Å2-1.33 Å2
2--3.74 Å2-0 Å2
3----4.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→24.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4315 619 32 346 5312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0125146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.6677099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3861.54810502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8375549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.9591055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.28610768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2823.6952193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2823.6952193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2935.5332743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2945.5362744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8434.132953
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8424.1312954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3266.0764357
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.95746.2755989
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.95746.285990
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 224 -
Rwork0.283 3894 -
obs--99.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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