PDB-8xjr: Apo form of DNA polymerase SFM4-3 recognizing C2 methyoxy nucleotide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xjr

タイトル

Apo form of DNA polymerase SFM4-3 recognizing C2 methyoxy nucleotide

要素

DNA polymerase I, thermostable

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside binding / 5'-3' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus aquaticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Wen, C. / Liu, H. / Yang, L. / Gong, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for C2'-methoxy Recognition by DNA Polymerases and Function Improvement.
著者: Wen, C. / Wang, G. / Yang, L. / Chen, T. / Liu, H. / Gong, W.

履歴

登録	2023年12月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xjr.cif.gz	131.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xjr.ent.gz	98.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xjr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xjr_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xjr_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	8xjr_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	8xjr_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/8xjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/8xjr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xk7C 8xk9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (23) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (6) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (4) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (2) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (2) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (2) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (23)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (6)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (4)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (2)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (2)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (2)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA polymerase I, thermostable

ヘテロ分子

63.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.222, 113.206, 198.403
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA polymerase I, thermostable / Taq polymerase 1 分子量: 62946.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: polA, pol1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 1.5M Lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 51203 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.733 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 502296

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2	9.3	0.583	2534	0.908	0.976	0.203	0.619	0.458	100
2-2.04	10.3	0.451	2518	0.943	0.985	0.147	0.475	0.472	100
2.04-2.08	10.4	0.391	2542	0.955	0.988	0.127	0.412	0.49	100
2.08-2.12	10.3	0.332	2525	0.972	0.993	0.108	0.35	0.495	100
2.12-2.17	10.2	0.265	2534	0.977	0.994	0.087	0.28	0.52	100
2.17-2.22	10.2	0.245	2535	0.978	0.994	0.08	0.258	0.528	100
2.22-2.27	10.1	0.209	2545	0.984	0.996	0.069	0.221	0.541	100
2.27-2.34	10.1	0.191	2541	0.987	0.997	0.063	0.201	0.539	100
2.34-2.4	10.1	0.169	2559	0.989	0.997	0.056	0.178	0.563	100
2.4-2.48	9.9	0.15	2540	0.991	0.998	0.05	0.158	0.597	100
2.48-2.57	9.8	0.13	2578	0.991	0.998	0.044	0.138	0.622	100
2.57-2.67	9.3	0.12	2531	0.993	0.998	0.041	0.127	0.644	99.9
2.67-2.8	8.2	0.104	2539	0.992	0.998	0.039	0.112	0.722	99.7
2.8-2.94	9.5	0.094	2563	0.994	0.999	0.032	0.1	0.809	100
2.94-3.13	10.3	0.084	2570	0.995	0.999	0.027	0.088	0.884	100
3.13-3.37	10.3	0.078	2594	0.997	0.999	0.025	0.082	1.019	100
3.37-3.71	10	0.068	2581	0.997	0.999	0.022	0.072	1.105	100
3.71-4.24	9.8	0.061	2604	0.997	0.999	0.02	0.065	1.142	100
4.24-5.35	8.7	0.058	2624	0.997	0.999	0.02	0.061	1.117	99.3
5.35-50	9.5	0.057	2646	0.996	0.999	0.02	0.061	1.424	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→17.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.81 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24161	2592	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1938	-	-	-
obs	0.19618	48611	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.375 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.77 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.97→17.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4244	0	50	350	4644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	4428
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.101	1.643	6021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.379	1.545	9568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.605	5	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.936	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.624	10	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.976	3.208	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.976	3.208	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.971	4.797	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.972	4.798	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.717	3.684	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.663	3.616	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.341	5.282	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.962	40.352	4974
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.682	39.863	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.972→2.023 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	157	-
R_work	0.247	3460	-
obs	-	-	98.26 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)