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- PDB-8xk5: SNB1G11 Fab bound to SFTSV glycoprotein Gn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xk5
タイトルSNB1G11 Fab bound to SFTSV glycoprotein Gn
要素
  • Envelopment polyprotein
  • mAb SNB1G11 Fab heavy chain
  • mAb SNB1G11 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / Gn / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Deng, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A broadly protective antibody targeting glycoprotein Gn inhibits severe fever with thrombocytopenia syndrome virus infection.
著者: Ren, X. / Sun, J. / Kuang, W. / Yu, F. / Wang, B. / Wang, Y. / Deng, W. / Xu, Z. / Yang, S. / Wang, H. / Hu, Y. / Deng, Z. / Ning, Y.J. / Zhao, H.
履歴
登録2023年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.year
改定 1.22024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
B: mAb SNB1G11 Fab light chain
E: Envelopment polyprotein
C: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
D: mAb SNB1G11 Fab light chain
F: Envelopment polyprotein
I: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
J: mAb SNB1G11 Fab light chain
K: Envelopment polyprotein
N: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
O: mAb SNB1G11 Fab light chain
R: Envelopment polyprotein
G: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
H: mAb SNB1G11 Fab light chain
L: Envelopment polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,51915
ポリマ－464,51915
非ポリマー00
水00
1
A: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
B: mAb SNB1G11 Fab light chain
E: Envelopment polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9043
ポリマ－92,9043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
D: mAb SNB1G11 Fab light chain
F: Envelopment polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9043
ポリマ－92,9043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
J: mAb SNB1G11 Fab light chain
K: Envelopment polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9043
ポリマ－92,9043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
N: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
O: mAb SNB1G11 Fab light chain
R: Envelopment polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9043
ポリマ－92,9043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
G: mAb SNB1G11 Fab heavy chain
H: mAb SNB1G11 Fab light chain
L: Envelopment polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9043
ポリマ－92,9043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.670, 180.960, 263.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体
mAb SNB1G11 Fab heavy chain


分子量: 27999.414 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fab heavy chain / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
mAb SNB1G11 Fab light chain


分子量: 25380.344 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fab light chain / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 39523.969 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4V2Q5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % (w/v) Jeffamine ED2003, 0.1M HEPES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→30 Å / Num. obs: 79582 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 5.1 % / Num. unique obs: 5119 / CC1/2: 0.543

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
xia2データスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→29.97 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 5276 5.08 %
Rwork0.215 --
obs0.2184 79582 76.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27019 0 0 0 27019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01227669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45837457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5293800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0744035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0124794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.090.4054240.2912438X-RAY DIFFRACTION13
3.09-3.120.3105470.2673745X-RAY DIFFRACTION22
3.12-3.160.3834560.27891019X-RAY DIFFRACTION30
3.16-3.20.3459610.26411169X-RAY DIFFRACTION35
3.2-3.250.4092710.26661423X-RAY DIFFRACTION42
3.25-3.290.343680.26661537X-RAY DIFFRACTION45
3.29-3.340.32471000.2751724X-RAY DIFFRACTION51
3.34-3.40.3104980.26551840X-RAY DIFFRACTION55
3.4-3.450.32991230.26542025X-RAY DIFFRACTION60
3.45-3.510.34051170.25572183X-RAY DIFFRACTION65
3.51-3.570.31211200.25012360X-RAY DIFFRACTION70
3.57-3.640.32971380.2412509X-RAY DIFFRACTION74
3.64-3.720.28451360.23642671X-RAY DIFFRACTION79
3.72-3.80.31541380.22972888X-RAY DIFFRACTION84
3.8-3.890.32261630.23513060X-RAY DIFFRACTION90
3.89-3.980.31861890.22173217X-RAY DIFFRACTION95
3.98-4.090.25851860.21693392X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.210.29631710.18783438X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.350.27091930.18463352X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.50.23621600.17593422X-RAY DIFFRACTION100
4.5-4.680.22571950.17653396X-RAY DIFFRACTION100
4.68-4.890.24621870.18373411X-RAY DIFFRACTION100
4.89-5.150.24321690.17653449X-RAY DIFFRACTION100
5.15-5.470.26521960.19893423X-RAY DIFFRACTION100
5.47-5.890.2642080.20533397X-RAY DIFFRACTION100
5.89-6.480.28371620.22473491X-RAY DIFFRACTION100
6.48-7.40.28771900.2253474X-RAY DIFFRACTION100
7.4-9.280.24621870.2023501X-RAY DIFFRACTION100
9.28-29.970.25021930.22043582X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -51.3935 Å / Origin y: 2.4523 Å / Origin z: -33.5303 Å
111213212223313233
T0.0245 Å20.0107 Å20.0529 Å2-0.0309 Å20.12 Å2--0.0253 Å2
L0.015 °2-0.0075 °2-0.0182 °2-0.0221 °2-0.0091 °2--0.0279 °2
S0.0461 Å °0.0124 Å °0.0585 Å °0.0248 Å °-0.0178 Å °0.0186 Å °0.028 Å °0.0213 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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