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万見
- PDB-8xk8: N1D10 Fab bound to SFTSV glycoprotein-Gn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xk8
タイトルN1D10 Fab bound to SFTSV glycoprotein-Gn
要素
  • Envelopment polyprotein
  • mAb N1D10 Fab heavy chain
  • mAb N1D10 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / Gn / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Zhao, H. / Deng, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A broadly protective antibody targeting glycoprotein Gn inhibits severe fever with thrombocytopenia syndrome virus infection.
著者: Ren, X. / Sun, J. / Kuang, W. / Yu, F. / Wang, B. / Wang, Y. / Deng, W. / Xu, Z. / Yang, S. / Wang, H. / Hu, Y. / Deng, Z. / Ning, Y.J. / Zhao, H.
履歴
登録2023年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.year
改定 1.22024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
B: Envelopment polyprotein
H: mAb N1D10 Fab heavy chain
L: mAb N1D10 Fab light chain
C: mAb N1D10 Fab heavy chain
D: mAb N1D10 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,8266
ポリマ－183,8266
非ポリマー00
水00
1
A: Envelopment polyprotein
H: mAb N1D10 Fab heavy chain
L: mAb N1D10 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9133
ポリマ－91,9133
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area30340 Å2
手法PISA
2
B: Envelopment polyprotein
C: mAb N1D10 Fab heavy chain
D: mAb N1D10 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9133
ポリマ－91,9133
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area30630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.124, 111.909, 87.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.33, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 39523.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4V2Q5
#2: 抗体 mAb N1D10 Fab heavy chain


分子量: 26368.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fab heavy chain / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 mAb N1D10 Fab light chain


分子量: 26020.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M tri-Sodium citrate pH 5.6, 19 %(v/v) Isopropanol, 19 %(w/v) PEG 4000, 5 %(v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.52→47.16 Å / Num. obs: 20028 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.758 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 3.52→3.85 Å / 冗長度: 2.6 % / Num. unique obs: 4658 / CC1/2: 0.626

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.53→20.69 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3239 1086 5.49 %
Rwork0.2499 --
obs0.2539 19778 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.53→20.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11394 0 0 0 11394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79915820
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8421602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062026
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.53-3.690.34081330.26832301X-RAY DIFFRACTION99
3.69-3.880.36591100.28022330X-RAY DIFFRACTION98
3.88-4.120.39271170.26612333X-RAY DIFFRACTION99
4.12-4.440.3391250.24082370X-RAY DIFFRACTION100
4.44-4.880.30061220.23052358X-RAY DIFFRACTION99
4.88-5.580.32921650.23592319X-RAY DIFFRACTION99
5.58-6.980.30971470.26172328X-RAY DIFFRACTION99
6.98-20.690.22291670.21142353X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.627 Å / Origin y: -24.1179 Å / Origin z: 22.921 Å
111213212223313233
T0.0893 Å2-0.0058 Å2-0.0131 Å2-0.0914 Å2-0.005 Å2--0.0801 Å2
L0.0689 °20.0514 °20.0144 °2-0.0188 °2-0.0222 °2--0.0443 °2
S0.0067 Å °-0.0154 Å °-0.0044 Å °0.0457 Å °-0.0001 Å °-0.0384 Å °-0.0181 Å °-0.0188 Å °0.0462 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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