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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xim | ||||||
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タイトル | PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES | ||||||
![]() | D-XYLOSE ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Janin, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Protein engineering of xylose (glucose) isomerase from Actinoplanes missouriensis. 1. Crystallography and site-directed mutagenesis of metal binding sites. 著者: Jenkins, J. / Janin, J. / Rey, F. / Chiadmi, M. / van Tilbeurgh, H. / Lasters, I. / De Maeyer, M. / Van Belle, D. / Wodak, S.J. / Lauwereys, M. / Stanssens, P. / Matthyssens, G. / Lambeir, A.M. #1: ![]() タイトル: Protein Engineering of Xylose (Glucose) Isomerase from Actinoplanes Missouriensis. 2. Site-Directed Mutagenesis of the Xylose Binding Site 著者: Lambeir, A.-M. / Lauwereys, M. / Stanssens, P. / Mrabet, N.T. / Snauwaert, J. / Vantilbeurgh, H. / Matthyssens, G. / Lasters, I. / Demaeyer, M. / Wodak, S.J. / Jenkins, J. / Chiadmi, M. / Janin, J. #2: ![]() タイトル: Protein Engineering of Xylose (Glucose) Isomerase from Actinoplanes Missouriensis. 3. Changing Metal Specificity and the Ph Profile by Site-Directed Mutagenesis 著者: Vantilbeurgh, H. / Jenkins, J. / Chiadmi, M. / Wodak, J.Janin S.J. / Mrabet, N.T. / Lambeir, A.-M. #3: ![]() タイトル: Arginine Residues as Stabilizing Elements in Proteins 著者: Mrabet, N.T. / Van Denbroek, A. / Van Den Brande, I. / Stanssens, P. / Laroche, Y. / Lambeir, A.-M. / Matthijssens, G. / Jenkins, J. / Chiadmi, M. / Vantilbeurgh, H. / Rey, F. / Janin, J. / ...著者: Mrabet, N.T. / Van Denbroek, A. / Van Den Brande, I. / Stanssens, P. / Laroche, Y. / Lambeir, A.-M. / Matthijssens, G. / Jenkins, J. / Chiadmi, M. / Vantilbeurgh, H. / Rey, F. / Janin, J. / Quax, W.J. / Lasters, I. / Demaeyer, M. / Wodak, S.J. #4: ![]() タイトル: Structural Analysis of the 2.8 Angstroms Model of Xylose Isomerase from Actinoplanes Missouriensis 著者: Rey, F. / Jenkins, J. / Janin, J. / Lasters, I. / Alard, P. / Claessens, M. / Matthyssens, G. / Wodak, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 328.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 266.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO A 187, PRO B 187, PRO C 187, AND PRO D 187 ARE CIS PROLINES. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43420.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P12851, xylose isomerase #2: 糖 | ChemComp-XLS / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | MG 395 IS AT METAL SITE 1 IN ALL FOUR SUBUNITS. THE MG AT METAL SITE 2 HAS BEEN REPLACED WITH WATER ...MG 395 IS AT METAL SITE 1 IN ALL FOUR SUBUNITS. THE MG AT METAL SITE 2 HAS BEEN REPLACED WITH WATER HOH 396 IN ALL FOUR SUBUNITS. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.92 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 97974 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Num. measured all: 244294 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2.4 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. reflection obs: 97974 / Rfactor obs: 0.146 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 16.8 Å2 |