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- PDB-3xim: ARGININE RESIDUES AS STABILIZING ELEMENTS IN PROTEINS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3xim
タイトルARGININE RESIDUES AS STABILIZING ELEMENTS IN PROTEINS
要素D-XYLOSE ISOMERASE
キーワードISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / sorbitol / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoplanes missouriensis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mrabet, N.T. / Van Denbroek, A. / Van Den Brande, I. / Stanssens, P. / Laroche, Y. / Lambeir, A.-M. / Matthyssens, G. / Jenkins, J. / Chiadmi, M. / Vantilbeurgh, H. ...Mrabet, N.T. / Van Denbroek, A. / Van Den Brande, I. / Stanssens, P. / Laroche, Y. / Lambeir, A.-M. / Matthyssens, G. / Jenkins, J. / Chiadmi, M. / Vantilbeurgh, H. / Rey, F. / Janin, J. / Quax, W.J. / Lasters, I. / Demaeyer, M. / Wodak, S.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Arginine residues as stabilizing elements in proteins.
著者: Mrabet, N.T. / Van den Broeck, A. / Van den brande, I. / Stanssens, P. / Laroche, Y. / Lambeir, A.M. / Matthijssens, G. / Jenkins, J. / Chiadmi, M. / van Tilbeurgh, H. / Rey, F. / Janin, J. / ...著者: Mrabet, N.T. / Van den Broeck, A. / Van den brande, I. / Stanssens, P. / Laroche, Y. / Lambeir, A.M. / Matthijssens, G. / Jenkins, J. / Chiadmi, M. / van Tilbeurgh, H. / Rey, F. / Janin, J. / Quax, W.J. / Lasters, I. / Demaeyer, M. / Wodak, S.J.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1988
タイトル: Structural Analysis of the 2.8 Angstroms Model of Xylose Isomerase from Actinoplanes Missouriensis
著者: Rey, F. / Jenkins, J. / Janin, J. / Lasters, I. / Alard, P. / Claessens, M. / Matthyssens, G. / Wodak, S.
履歴
登録1991年5月29日処理サイト: BNL
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-XYLOSE ISOMERASE
B: D-XYLOSE ISOMERASE
C: D-XYLOSE ISOMERASE
D: D-XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,22216
ポリマ－174,0224
非ポリマー1,20012
水15,691871
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34580 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area46630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.450, 143.450, 231.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 187, PRO B 187, PRO C 187, AND PRO D 187 ARE CIS PROLINES.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8028, 0.5757, -0.1552), (0.5753, 0.6797, -0.455), (-0.1564, -0.4546, -0.8769)40.88, 83.55, 360.39999
2given(0.648, -0.6645, -0.3721), (-0.6648, -0.7319, 0.1493), (-0.3716, 0.1507, -0.9161)116.73, 102.09, 334.95999
3given(-0.8443, 0.0901, 0.5282), (0.0889, -0.9485, 0.304), (0.5284, 0.3036, 0.7929)-46.4, 67.8, 2.17

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要素

#1: タンパク質
D-XYLOSE ISOMERASE


分子量: 43505.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoplanes missouriensis (バクテリア)
参照: UniProt: P12851, xylose isomerase
#2: 糖
ChemComp-SOR / sorbitol / D-sorbitol / D-glucitol


タイプ: D-saccharide / 分子量: 182.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O6
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE THREE LYS TO ARG SUBSTITUTIONS AT SITES 309, 319, AND 323 YIELD A THERMOSTABLE ENZYME WITH WILD ...THE THREE LYS TO ARG SUBSTITUTIONS AT SITES 309, 319, AND 323 YIELD A THERMOSTABLE ENZYME WITH WILD TYPE ACTIVITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.86 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium phosphate1drop
31 Mammonium sulfate1drop
41.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 95937 / Num. measured all: 254909 / Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 2.3 Å
詳細: VAL 3 HAS WEAK DENSITY IN CHAINS A AND C, GLN 4 IN CHAIN 6.
Rfactor反射数
obs0.149 95937
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12220 0 56 871 13147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.039
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.037
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.128
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.267
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.8 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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