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- PDB-8xi3: Structure of mouse SCMC-14-3-3gama complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xi3
タイトルStructure of mouse SCMC-14-3-3gama complex
要素
  • 14-3-3 protein gamma
  • NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
  • Oocyte-expressed protein homolog
  • Transducin-like enhancer protein 6
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Complex / Oocyte subcortical / phosphorylation / 14-3-3
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of localization of FOXO transcription factors / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / ooplasm ...Regulation of localization of FOXO transcription factors / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / RHO GTPases activate PKNs / Activation of BAD and translocation to mitochondria / subcortical maternal complex / establishment of organelle localization / cortical granule exocytosis / endoplasmic reticulum localization / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / ooplasm / TP53 Regulates Metabolic Genes / spermatogonial cell division / cortical granule / positive regulation of embryonic development / positive regulation of meiotic nuclear division / regulation of establishment of protein localization / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of RNA stability / mitochondrion localization / phosphorylation-dependent protein binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / apical cortex / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / establishment of spindle localization / embryonic pattern specification / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / fertilization / regulation of neuron differentiation / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of double-strand break repair / exocytosis / replication fork processing / regulation of cell division / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / protein targeting / cellular response to glucose starvation / negative regulation of TORC1 signaling / insulin-like growth factor receptor binding / embryo implantation / positive regulation of neuron differentiation / protein sequestering activity / protein kinase C binding / actin filament organization / animal organ morphogenesis / regulation of protein stability / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of T cell activation / apical part of cell / intracellular protein localization / myelin sheath / regulation of protein localization / actin binding / cell cortex / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase ...KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / K Homology domain, type 1 superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein gamma / Oocyte-expressed protein homolog / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Transducin-like enhancer protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chi, P. / Han, Z. / Jiao, H. / Li, J. / Wang, X. / Hu, H. / Deng, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971132 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The subcortical maternal complex modulates the cell cycle during early mammalian embryogenesis via 14-3-3.
著者: Zhuo Han / Rui Wang / Pengliang Chi / Zihan Zhang / Ling Min / Haizhan Jiao / Guojin Ou / Dan Zhou / Dandan Qin / Chengpeng Xu / Zheng Gao / Qianqian Qi / Jialu Li / Yuechao Lu / Xiang Wang / ...著者: Zhuo Han / Rui Wang / Pengliang Chi / Zihan Zhang / Ling Min / Haizhan Jiao / Guojin Ou / Dan Zhou / Dandan Qin / Chengpeng Xu / Zheng Gao / Qianqian Qi / Jialu Li / Yuechao Lu / Xiang Wang / Jing Chen / Xingjiang Yu / Hongli Hu / Lei Li / Dong Deng /
要旨: The subcortical maternal complex (SCMC) is essential for safeguarding female fertility in mammals. Assembled in oocytes, the SCMC maintains the cleavage of early embryos, but the underlying mechanism ...The subcortical maternal complex (SCMC) is essential for safeguarding female fertility in mammals. Assembled in oocytes, the SCMC maintains the cleavage of early embryos, but the underlying mechanism remains unclear. Here, we report that 14-3-3, a multifunctional protein, is a component of the SCMC. By resolving the structure of the 14-3-3-containing SCMC, we discover that phosphorylation of TLE6 contributes to the recruitment of 14-3-3. Mechanistically, during maternal-to-embryo transition, the SCMC stabilizes 14-3-3 protein and contributes to the proper control of CDC25B, thus ensuring the activation of the maturation-promoting factor and mitotic entry in mouse zygotes. Notably, the SCMC establishes a conserved molecular link with 14-3-3 and CDC25B in human oocytes/embryos. This study discloses the molecular mechanism through which the SCMC regulates the cell cycle in early embryos and elucidates the function of the SCMC in mammalian early embryogenesis.
履歴
登録2023年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月2日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32025年4月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.42025年6月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: 14-3-3 protein gamma
D: 14-3-3 protein gamma
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
B: Transducin-like enhancer protein 6
C: Oocyte-expressed protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,5635
ポリマ－258,5635
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein gamma


分子量: 28336.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ywhag
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P61982
#2: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Maternal antigen that embryos require / Mater protein / Ooplasm-specific protein 1 / OP1


分子量: 119819.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nlrp5, Mater, Nalp5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9R1M5
#3: タンパク質 Transducin-like enhancer protein 6 / Groucho-related protein 6


分子量: 62304.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tle6, Grg6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVB3
#4: タンパク質 Oocyte-expressed protein homolog / Floped


分子量: 19765.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ooep, Oep19
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9CWE6
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mouse SCMC-14-3-3gama complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 56.15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41406 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00415456
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61720919
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.1322053
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042392
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042664

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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