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- PDB-8xi2: Cryo-EM structure of the Chlamydomonas C* complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xi2
タイトルCryo-EM structure of the Chlamydomonas C* complex
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 5
  • CWF21 domain-containing protein
  • Cdc5L
  • Crooked neck protein
  • Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein
  • Elongation factor Tu, chloroplastic
  • G10 protein
  • Intron-binding protein aquarius
  • MI domain-containing protein
  • MPN domain-containing protein
  • PLRG1
  • PPIase cyclophilin-type domain-containing protein
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Pre-mRNA-processing factor 19
  • Pre-mRNA-splicing factor SPF27
  • Prp17
  • RNA (173-mer)
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*AP*AP*CP*G)-3')
  • Rbm22
  • SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein
  • Sm domain-containing protein
  • Sm protein F
  • Syf1
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U5-40K
  • U6 snRNA
キーワードSPLICING / Chlamydomonas spliceosome / C* complex / Cdc5L / RNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U12-type spliceosomal complex / Prp19 complex / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex ...post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U12-type spliceosomal complex / Prp19 complex / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / spliceosomal complex assembly / protein K63-linked ubiquitination / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / chloroplast / peptidylprolyl isomerase / helicase activity / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein folding / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Torus domain / Torus domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor ...Torus domain / Torus domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / : / : / Myb-like domain profile. / Pre-mRNA-processing factor 17 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / : / STL11, N-terminal / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / AAA domain / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / : / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / : / Myb-like DNA-binding domain / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / DNA2/NAM7-like helicase / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / U-box domain / zinc finger / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / : / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / EF-G domain III/V-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm domain-containing protein / Crooked neck protein ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm domain-containing protein / Crooked neck protein / Uncharacterized protein / G10 protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / MI domain-containing protein / Intron-binding protein aquarius / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / MPN domain-containing protein / peptidylprolyl isomerase / SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Sm protein F / Elongation factor Tu, chloroplastic / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lu, Y. / Zhan, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a Step II catalytically activated spliceosome form Chlamydomonas reinhardtii
著者: Lu, Y. / Zhan, X.
履歴
登録2023年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MPN domain-containing protein
B: U5 snRNA
C: Elongation factor Tu, chloroplastic
E: U5-40K
F: U6 snRNA
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
s: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-processing factor 19
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Sm protein F
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
b: Sm domain-containing protein
I: Syf1
J: Crooked neck protein
P: Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein
M: PPIase cyclophilin-type domain-containing protein
T: PLRG1
O: Rbm22
N: G10 protein
R: SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein
H: U2 snRNA
S: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
W: Prp17
L: Cdc5L
K: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
U: CWF21 domain-containing protein
V: MI domain-containing protein
Q: Intron-binding protein aquarius
5: RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*AP*AP*CP*G)-3')
3: RNA (173-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,006,13245
ポリマ－2,005,24334
非ポリマー89011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 21種, 24分子 ACEqrstfbIJPMTONRSWLKUVQ

#1: タンパク質 MPN domain-containing protein


分子量: 278543.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E5Q8
#3: タンパク質 Elongation factor Tu, chloroplastic / Snu114


分子量: 109366.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JCA8
#4: タンパク質 U5-40K


分子量: 39437.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DMA3
#6: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19


分子量: 54015.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I9S6, RING-type E3 ubiquitin transferase
#10: タンパク質 Sm protein F


分子量: 9644.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J834
#13: タンパク質 Sm domain-containing protein


分子量: 27745.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CX88
#14: タンパク質 Syf1


分子量: 104377.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D3K4
#15: タンパク質 Crooked neck protein


分子量: 96708.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CXZ4
#16: タンパク質 Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein


分子量: 26422.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CN43
#17: タンパク質 PPIase cyclophilin-type domain-containing protein


分子量: 61094.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E769
#18: タンパク質 PLRG1


分子量: 56100.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DAW8
#19: タンパク質 Rbm22


分子量: 44413.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E050
#20: タンパク質 G10 protein / Bud31


分子量: 26355.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DAL7
#21: タンパク質 SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein


分子量: 73924.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E831
#23: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 17309.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JGI0, peptidylprolyl isomerase
#24: タンパク質 Prp17


分子量: 63995.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DUN6
#25: タンパク質 Cdc5L


分子量: 91838.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DYR4
#26: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPF27


分子量: 32563.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CNP4
#27: タンパク質 CWF21 domain-containing protein


分子量: 80630.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DFH0
#28: タンパク質 MI domain-containing protein / Cwc22


分子量: 102389.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DML4
#29: タンパク質 Intron-binding protein aquarius


分子量: 201450.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DR41

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 BFH53

#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 35370.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#5: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 32760.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#22: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 61386.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: GenBank: 2826764
#30: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*AP*AP*CP*G)-3')


分子量: 2219.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#31: RNA鎖 RNA (173-mer)


分子量: 55292.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 5種, 5分子 agedc

#7: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13789.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I0E2
#8: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G


分子量: 8532.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HRS8
#9: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E


分子量: 10216.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IYZ2
#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12630.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I074
#12: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / snRNP core protein D1


分子量: 12668.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CTT9

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非ポリマー , 3種, 11分子

#32: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#33: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chlamydomonas C* complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4, #6-#31 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 518369 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.6 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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