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- PDB-8xi2: Cryo-EM structure of the Chlamydomonas C* complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xi2
タイトルCryo-EM structure of the Chlamydomonas C* complex
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 5
  • CWF21 domain-containing protein
  • Cdc5L
  • Crooked neck protein
  • Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein
  • Elongation factor Tu, chloroplastic
  • G10 protein
  • Intron-binding protein aquarius
  • MI domain-containing protein
  • MPN domain-containing protein
  • PLRG1
  • PPIase cyclophilin-type domain-containing protein
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Pre-mRNA-processing factor 19
  • Pre-mRNA-splicing factor SPF27
  • Prp17
  • RNA (173-mer)
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*AP*AP*CP*G)-3')
  • Rbm22
  • SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein
  • Sm domain-containing protein
  • Sm protein F
  • Syf1
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U5-40K
  • U6 snRNA
キーワードSPLICING / Chlamydomonas spliceosome / C* complex / Cdc5L / RNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U12-type spliceosomal complex / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / SMN-Sm protein complex / P granule / spliceosomal tri-snRNP complex ...post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U12-type spliceosomal complex / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / SMN-Sm protein complex / P granule / spliceosomal tri-snRNP complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / spliceosomal complex / helicase activity / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA processing / metallopeptidase activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein folding / DNA repair / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prp19 WD40 domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Torus domain / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / Torus domain / Intron-binding protein aquarius, N-terminal ...Prp19 WD40 domain / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Torus domain / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / Torus domain / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / : / : / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / Myb-like domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / : / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / : / AAA domain / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / : / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / DNA2/NAM7-like helicase / : / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Myb-like DNA-binding domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U-box domain profile. / Zinc finger, CCCH-type superfamily / Modified RING finger domain / U-box domain / zinc finger / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm protein B / Crooked neck protein ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm protein B / Crooked neck protein / Uncharacterized protein / G10 protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / MI domain-containing protein / Intron-binding protein aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / MPN domain-containing protein / peptidylprolyl isomerase / SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Sm protein F / Elongation factor Tu, chloroplastic / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lu, Y. / Zhan, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Structure of a step II catalytically activated spliceosome from Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Yichen Lu / Ke Liang / Xiechao Zhan /
要旨: Pre-mRNA splicing, a fundamental step in eukaryotic gene expression, is executed by the spliceosomes. While there is extensive knowledge of the composition and structure of spliceosomes in yeasts and ...Pre-mRNA splicing, a fundamental step in eukaryotic gene expression, is executed by the spliceosomes. While there is extensive knowledge of the composition and structure of spliceosomes in yeasts and humans, the structural diversity of spliceosomes in non-canonical organisms remains unclear. Here, we present a cryo-EM structure of a step II catalytically activated spliceosome (C complex) derived from the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii at 2.6 Å resolution. This Chlamydomonas C complex comprises 29 proteins and four RNA elements, creating a dynamic assembly that shares a similar overall architecture with yeast and human counterparts but also has unique features of its own. Distinctive structural characteristics include variations in protein compositions as well as some noteworthy RNA features. The splicing factor Prp17, with four fragments and a WD40 domain, is engaged in intricate interactions with multiple protein and RNA components. The structural elucidation of Chlamydomonas C complex provides insights into the molecular mechanism of RNA splicing in plants and understanding splicing evolution in eukaryotes.
履歴
登録2023年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.42025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MPN domain-containing protein
B: U5 snRNA
C: Elongation factor Tu, chloroplastic
E: U5-40K
F: U6 snRNA
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
s: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-processing factor 19
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Sm protein F
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
b: Sm domain-containing protein
I: Syf1
J: Crooked neck protein
P: Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein
M: PPIase cyclophilin-type domain-containing protein
T: PLRG1
O: Rbm22
N: G10 protein
R: SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein
H: U2 snRNA
S: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
W: Prp17
L: Cdc5L
K: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
U: CWF21 domain-containing protein
V: MI domain-containing protein
Q: Intron-binding protein aquarius
5: RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*AP*AP*CP*G)-3')
3: RNA (173-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,006,13245
ポリマ－2,005,24334
非ポリマー89011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
タンパク質 , 21種, 24分子 ACEqrstfbIJPMTONRSWLKUVQ

#1: タンパク質 MPN domain-containing protein


分子量: 278543.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E5Q8
#3: タンパク質 Elongation factor Tu, chloroplastic / Snu114


分子量: 109366.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JCA8
#4: タンパク質 U5-40K


分子量: 39437.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DMA3
#6: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19


分子量: 54015.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I9S6, RING-type E3 ubiquitin transferase
#10: タンパク質 Sm protein F


分子量: 9644.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J834
#13: タンパク質 Sm domain-containing protein


分子量: 27745.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CX88
#14: タンパク質 Syf1


分子量: 104377.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D3K4
#15: タンパク質 Crooked neck protein


分子量: 96708.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CXZ4
#16: タンパク質 Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein


分子量: 26422.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CN43
#17: タンパク質 PPIase cyclophilin-type domain-containing protein


分子量: 61094.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E769
#18: タンパク質 PLRG1


分子量: 56100.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DAW8
#19: タンパク質 Rbm22


分子量: 44413.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E050
#20: タンパク質 G10 protein / Bud31


分子量: 26355.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DAL7
#21: タンパク質 SKI-interacting protein SKIP SNW domain-containing protein


分子量: 73924.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E831
#23: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 17309.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JGI0, peptidylprolyl isomerase
#24: タンパク質 Prp17


分子量: 63995.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DUN6
#25: タンパク質 Cdc5L


分子量: 91838.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DYR4
#26: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPF27


分子量: 32563.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CNP4
#27: タンパク質 CWF21 domain-containing protein


分子量: 80630.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DFH0
#28: タンパク質 MI domain-containing protein / Cwc22


分子量: 102389.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DML4
#29: タンパク質 Intron-binding protein aquarius


分子量: 201450.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DR41

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 BFH53

#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 35370.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#5: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 32760.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#22: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 61386.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: GenBank: 2826764
#30: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*AP*AP*CP*G)-3')


分子量: 2219.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#31: RNA鎖 RNA (173-mer)


分子量: 55292.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 5種, 5分子 agedc

#7: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13789.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I0E2
#8: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G


分子量: 8532.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HRS8
#9: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E


分子量: 10216.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IYZ2
#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12630.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I074
#12: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / snRNP core protein D1


分子量: 12668.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CTT9

-
非ポリマー , 3種, 11分子

#32: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#33: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chlamydomonas C* complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4, #6-#31 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 518369 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.6 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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