PDB-8xg6: X-ray crystal structure of Streptavidine without cryo-protectant ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xg6

タイトル

X-ray crystal structure of Streptavidine without cryo-protectant using a high-pressure cryocooling method

要素

Streptavidin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Higashiura, A. / Yamamoto, A. / Sugiyama, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding competition between substrates and cryoprotectants in protein crystals directly observed by a hybrid method of in-gel crystallization and high-pressure cryo-cooling in X-ray crystallography
著者: Higashiura, A. / Sugiyama, S.

履歴

登録	2023年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xg6.cif.gz	226.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xg6.ent.gz	182.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xg6_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xg6_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8xg6_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	8xg6_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xg4C 8xg5C 8y23C 8y24C 8y25C 8y26C 8y27C 8y28C 8y29C 8y2aC 8y2bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

52 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Streptavidin

C: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.941, 85.948, 58.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12764.833 Da / 分子数: 4 / 断片: Avidin-like / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→47.87 Å / Num. obs: 109516 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.31→1.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5389 / CC_1/2: 0.656

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.31→31.509 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1824	5410	4.95 %
R_work	0.1453	-	-
obs	0.1471	109199	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→31.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3582	0	61	718	4361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3856
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.78	5282
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.491	1275
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	587
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	666

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.31-1.3249	0.2805	179	0.22	3432	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3249-1.3405	0.2488	164	0.2116	3482	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3405-1.3568	0.2197	166	0.2014	3405	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3568-1.374	0.2642	161	0.2044	3472	X-RAY DIFFRACTION	99
1.374-1.3921	0.2312	178	0.1901	3448	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3921-1.4111	0.2539	190	0.1894	3409	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4111-1.4313	0.2451	182	0.1789	3405	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4313-1.4526	0.2509	192	0.1738	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4526-1.4753	0.213	192	0.1639	3436	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4753-1.4995	0.197	174	0.1493	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4995-1.5254	0.1819	173	0.1405	3464	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5254-1.5531	0.2006	169	0.1424	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5531-1.583	0.2005	181	0.1435	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.583-1.6153	0.2099	163	0.1422	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6153-1.6504	0.1799	159	0.1398	3464	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6504-1.6888	0.1739	182	0.132	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6888-1.7311	0.1799	194	0.1419	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7311-1.7779	0.1848	198	0.1385	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7779-1.8302	0.1665	206	0.136	3433	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8302-1.8892	0.1625	192	0.1363	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8892-1.9567	0.1796	188	0.1321	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9567-2.0351	0.1855	162	0.1358	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0351-2.1277	0.1741	190	0.139	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1277-2.2398	0.1831	175	0.136	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2398-2.3801	0.1722	191	0.1429	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3801-2.5638	0.1825	180	0.1473	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5638-2.8217	0.1795	165	0.1451	3501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8217-3.2296	0.1561	210	0.1484	3464	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2296-4.0676	0.1718	183	0.1342	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0676-31.5	0.183	171	0.1423	3497	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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