PDB-8xg5: X-ray crystal structure of streptavidin flash-cooled in 30% PEG10...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xg5

タイトル

X-ray crystal structure of streptavidin flash-cooled in 30% PEG1000 at ambient pressure

要素

Streptavidin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Higashiura, A. / Yamamoto, A. / Sugiyama, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding competition between substrates and cryoprotectants in protein crystals directly observed by a hybrid method of in-gel crystallization and high-pressure cryo-cooling in X-ray crystallography
著者: Higashiura, A. / Sugiyama, S.

履歴

登録	2023年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xg5.cif.gz	213.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xg5.ent.gz	171.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xg4C 8xg6C 8y23C 8y24C 8y25C 8y26C 8y27C 8y28C 8y29C 8y2aC 8y2bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

51.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Streptavidin

C: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.752, 84.946, 58.345
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12764.833 Da / 分子数: 4 / 断片: Avidin-like / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→47.69 Å / Num. obs: 88033 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4382 / CC_1/2: 0.712

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→33.574 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1826	4435	5.05 %
R_work	0.1462	-	-
obs	0.148	87908	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.574 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3515	0	50	469	4034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3794
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	5201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.688	1243
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	581
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.2897	147	0.2236	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4159-1.4326	0.2849	148	0.2164	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4326-1.45	0.262	143	0.214	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.4684	0.2594	148	0.195	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4684-1.4877	0.2291	145	0.1795	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4877-1.5081	0.1998	139	0.1715	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5081-1.5296	0.2541	167	0.1646	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5296-1.5525	0.2142	159	0.1563	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5525-1.5767	0.1901	179	0.1476	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5767-1.6026	0.1984	159	0.1461	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6026-1.6302	0.202	158	0.1365	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6302-1.6598	0.1944	123	0.1306	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.6918	0.2035	137	0.1317	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6918-1.7263	0.2108	136	0.1362	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.7638	0.1817	148	0.1352	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7638-1.8049	0.1756	130	0.1359	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.85	0.1823	140	0.1239	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.1586	137	0.1263	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.9559	0.1621	154	0.1257	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9559-2.019	0.1551	139	0.1309	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0912	0.1574	156	0.1334	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1749	0.1769	152	0.1312	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2739	0.1623	135	0.1411	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2739-2.3937	0.1969	152	0.1465	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3937-2.5436	0.1762	144	0.1525	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5436-2.7399	0.1771	148	0.1482	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7399-3.0155	0.1657	158	0.1546	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0155-3.4515	0.1891	155	0.1415	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4515-4.347	0.1701	161	0.1371	2723	X-RAY DIFFRACTION	97
4.347-33.5	0.179	138	0.1652	2563	X-RAY DIFFRACTION	89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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