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- PDB-8xg4: X-ray crystal structure of streptavidin flash-cooled in 30% glyce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xg4
タイトルX-ray crystal structure of streptavidin flash-cooled in 30% glycerol at ambient pressure
要素Streptavidin
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / streptavidin
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PG6 / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Higashiura, A. / Yamamoto, A. / Sugiyama, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other private 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding competition between substrates and cryoprotectants in protein crystals directly observed by a hybrid method of in-gel crystallization and high-pressure cryo-cooling in X-ray crystallography
著者: Higashiura, A. / Sugiyama, S.
履歴
登録2023年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
C: Streptavidin
D: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,08612
ポリマ－51,0594
非ポリマー1,0278
水11,530640
1
A: Streptavidin
D: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9945
ポリマ－25,5302
非ポリマー4653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
2
B: Streptavidin
C: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0927
ポリマ－25,5302
非ポリマー5635
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.739, 85.686, 58.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Streptavidin


分子量: 12764.833 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 39-159 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629

-
非ポリマー , 5種, 648分子

#2: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG1,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→47.75 Å / Num. obs: 92788 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.38→1.4 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4543 / CC1/2: 0.757 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.38→46.164 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1693 4466 4.83 %
Rwork0.136 --
obs0.1376 92416 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→46.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3579 0 60 640 4279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7675313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3131287
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.39570.24641680.21152826X-RAY DIFFRACTION99
1.3957-1.41210.251520.20292901X-RAY DIFFRACTION99
1.4121-1.42930.28111570.19732896X-RAY DIFFRACTION99
1.4293-1.44740.2351510.18682895X-RAY DIFFRACTION99
1.4474-1.46650.22041320.17222936X-RAY DIFFRACTION99
1.4665-1.48660.21731510.1662915X-RAY DIFFRACTION99
1.4866-1.50780.2181500.1592928X-RAY DIFFRACTION99
1.5078-1.53030.18031270.15262920X-RAY DIFFRACTION100
1.5303-1.55420.21691310.14222923X-RAY DIFFRACTION100
1.5542-1.57970.20841660.13382894X-RAY DIFFRACTION99
1.5797-1.60690.18881400.12883001X-RAY DIFFRACTION100
1.6069-1.63620.16431460.12322886X-RAY DIFFRACTION100
1.6362-1.66760.17341510.11372961X-RAY DIFFRACTION100
1.6676-1.70170.15611320.11962919X-RAY DIFFRACTION100
1.7017-1.73870.21781440.12362944X-RAY DIFFRACTION100
1.7387-1.77910.18271430.12942940X-RAY DIFFRACTION100
1.7791-1.82360.17891530.12572932X-RAY DIFFRACTION100
1.8236-1.87290.1441620.12072932X-RAY DIFFRACTION100
1.8729-1.9280.16011680.12232923X-RAY DIFFRACTION100
1.928-1.99030.17821600.12772925X-RAY DIFFRACTION100
1.9903-2.06140.16831400.12912936X-RAY DIFFRACTION100
2.0614-2.14390.16951540.12542961X-RAY DIFFRACTION100
2.1439-2.24150.1521600.12482950X-RAY DIFFRACTION100
2.2415-2.35970.17351500.13262929X-RAY DIFFRACTION100
2.3597-2.50750.18281590.14282943X-RAY DIFFRACTION100
2.5075-2.70110.15711350.14082970X-RAY DIFFRACTION100
2.7011-2.97290.17191320.14162985X-RAY DIFFRACTION100
2.9729-3.4030.1571430.13222973X-RAY DIFFRACTION100
3.403-4.28690.14171630.12372962X-RAY DIFFRACTION100
4.2869-46.10.15621460.14722944X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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