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- PDB-8xfr: Structure of the alginate epimerase/lyase complexed with tetra-ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xfr
タイトルStructure of the alginate epimerase/lyase complexed with tetra-mannuronic acid
要素mannuronan 5-epimerase
キーワードISOMERASE / Substrate / Complex / Epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / lyase activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Pectate lyase superfamily protein ...Carbohydrate-binding/sugar hydrolysis domain / Domain present in carbohydrate binding proteins and sugar hydrolses / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / mannuronan 5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter chroococcum NCIMB 8003 (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fujiwara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06077 日本
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the minimal bifunctional alginate epimerase AlgE3 from Azotobacter chroococcum.
著者: Fujiwara, T. / Mano, E. / Nango, E.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mannuronan 5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,32314
ポリマ－51,7491
非ポリマー1,57513
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.584, 121.584, 117.617
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 mannuronan 5-epimerase


分子量: 51748.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter chroococcum NCIMB 8003 (窒素固定)
遺伝子: algE7, Achr_39570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C4WKK2, mannuronan 5-epimerase
#2: 多糖 beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid- ...beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 722.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a1122A-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 150分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate, pH4.5, 30% w/v PEG 4000, 15% v/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.05 Å / Num. obs: 43816 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.1 % / Biso Wilson estimate: 45.43 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 20.97
反射 シェル解像度: 2→2.14 Å / 冗長度: 24.4 % / Rmerge(I) obs: 1.926 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 8053 / CC1/2: 0.858 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.05 Å / SU ML: 0.1946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.712
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1865 2204 5.03 %
Rwork0.1624 41591 -
obs0.1635 43795 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3604 0 94 138 3836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00973756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03745072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0683552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3878573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.29931060.25562630X-RAY DIFFRACTION99.89
2.04-2.090.28741580.23022558X-RAY DIFFRACTION99.96
2.09-2.140.28021410.22362642X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.20.20571400.22545X-RAY DIFFRACTION99.93
2.2-2.270.23421530.19322597X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.340.21281340.18042647X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.420.24421380.18392570X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.520.23611320.17192617X-RAY DIFFRACTION99.93
2.52-2.630.24211240.19612614X-RAY DIFFRACTION99.96
2.63-2.770.21331370.18632607X-RAY DIFFRACTION99.93
2.77-2.950.21911620.19682540X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.170.19641400.17572613X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.490.21121690.17632587X-RAY DIFFRACTION100
3.49-40.17481180.1442598X-RAY DIFFRACTION100
4-5.040.14531180.12662638X-RAY DIFFRACTION99.86
5.04-48.050.13281340.14592588X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4533510186310.1141069588030.2706433383421.065618304390.6465172706730.723276863310.08202654930930.4276892662640.235291210301-0.863405893394-0.24440328502-0.418658221801-0.3740534239320.303545630633-0.1765285710310.989029543978-0.001550749371180.3611293573920.8798044667110.2380014731910.78052500054734.380535772410.7151144967-64.1817190394
20.5859194868840.0492420280187-0.3330704696381.082491959010.1261207115581.135476497370.2631413858470.5767644349850.279864742598-0.42557042582-0.172930778229-0.538632076065-0.5910636751080.3408602122030.05720989090010.873113511131-0.009880230926390.2892704983640.6660557401140.1688809860950.70980108797730.1316158549.71956969489-56.487779212
30.4895418590740.1061425959890.05371969514131.28058061672-0.1487956139521.797344387740.2565343602730.4098672267480.279174901347-0.348885224496-0.102689300559-0.117473522136-0.3978381119270.06086251491844.84012028601E-50.6252215956660.09851794607280.1607300562430.5751623706090.06892683740860.55401485710722.74657036592.87078784613-53.1980969092
40.7643055734540.0790114335818-0.660644211471.1602400201-0.7021491354792.854440853810.2759596111620.03941248138210.156880045423-0.084395193699-0.163758293296-0.385810065263-0.334538120710.2867424306552.36600231674E-50.423831880616-0.02108528298680.06523270198360.42147622787-0.02000273273160.50507951570224.709422873-0.0724096989325-40.9805676245
50.189800572034-0.107826031064-0.5130365904410.52307107412-0.4729855557691.71744086760.03915796596710.2397799841510.0967055955711-0.168294792073-0.0561936910925-0.18081153676-0.213068526620.106515719081-3.06199151935E-50.375526401556-0.00485288500898-0.02347124884480.391296287304-0.04465355554660.48231673281217.8768251307-7.10044637539-34.0098404094
61.2191070712-0.200974989142-0.6585831915851.22631523108-0.7455436376931.971181684820.115654769876-0.107359142261-0.03666957821180.231794515334-0.0548813857721-0.0608654011283-0.09026174149220.1837066887260.0001285857462660.399023689928-0.0200547215957-0.06208246400180.409576914329-0.05472131171490.43229791545216.7589008406-8.28343400282-24.9330550082
70.575616748943-0.335010368118-0.5993224632090.813011729802-0.7065666905221.7897795905-0.0990077639344-0.122336278437-0.1526440316890.2816342095270.0523052818094-0.06958189279860.0162532808930.163948647674-5.15294890674E-50.563047578146-0.0197764276833-0.1079400222350.470434913336-0.006089528399730.49502895372416.5776684049-16.8262391155-14.9820160545
80.424864045280.266342159483-0.5700177701870.518017787066-0.8006998730871.14786816196-0.0494963140482-0.227934509729-0.598223353508-0.0340655640925-0.00911590068697-0.09950889083190.583658407018-0.0056378948985-0.0001207538098760.700723069838-0.0278134593053-0.05640037580650.4600640866630.0369657861730.63548674274111.3488900262-28.8268492006-11.5534054491
91.211315221821.28671746017-0.5874275750241.30067419277-1.252615592951.886930876070.116306972453-0.251371615514-0.1471454832720.24682814978-0.1395567849990.0905029381569-0.06736722160130.172178671513-6.55199908677E-50.6795343622030.0218617819433-0.01270604614650.4568272469280.0673601235790.4700051064518.70720092907-25.2826765119-3.18695376751
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 31 )1 - 311 - 31
22chain 'A' and (resid 32 through 82 )32 - 8232 - 82
33chain 'A' and (resid 83 through 139 )83 - 13983 - 139
44chain 'A' and (resid 140 through 224 )140 - 224140 - 224
55chain 'A' and (resid 225 through 259 )225 - 259225 - 259
66chain 'A' and (resid 260 through 326 )260 - 326260 - 326
77chain 'A' and (resid 327 through 376 )327 - 376327 - 376
88chain 'A' and (resid 377 through 402 )377 - 402377 - 402
99chain 'A' and (resid 403 through 480 )403 - 480403 - 480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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