+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ja4 | ||||||
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Title | Structure of the alginate epimerase/lyase | ||||||
Components | mannuronan 5-epimerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / bifunctional epimerase/lyase | ||||||
Function / homology | Function and homology information mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / lyase activity / calcium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Azotobacter chroococcum NCIMB 8003 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.04 Å | ||||||
Authors | Fujiwara, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2024 Title: Structural basis for the minimal bifunctional alginate epimerase AlgE3 from Azotobacter chroococcum. Authors: Fujiwara, T. / Mano, E. / Nango, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ja4.cif.gz | 227.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ja4.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8ja4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ja4_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ja4_full_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | |
Data in XML | 8ja4_validation.xml.gz | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8ja4_validation.cif.gz | 30.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8ja4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8ja4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ja6C 8jazC 8xfqC 8xfrC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52684.410 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Azotobacter chroococcum NCIMB 8003 (bacteria) Gene: algE7, Achr_39570 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0C4WKK2, mannuronan 5-epimerase | ||||||||
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#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M sodium acetate, pH4.5-pH4.9, 24-30% w/v PEG 4000, 15% v/v glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL45XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.04→48.51 Å / Num. obs: 42695 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12 % / Biso Wilson estimate: 48.15 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 22.19 |
Reflection shell | Resolution: 2.04→2.11 Å / Redundancy: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 1.231 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 4254 / CC1/2: 0.803 / CC star: 0.944 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 1.286 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.04→48.51 Å / SU ML: 0.2198 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 18.145 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→48.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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