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- PDB-8ja6: Structure of the alginate epimerase/lyase complexed with tri-mann... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ja6 | ||||||
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Title | Structure of the alginate epimerase/lyase complexed with tri-mannuronic acid | ||||||
![]() | mannuronan 5-epimerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / bifunctional epimerase/lyase | ||||||
Function / homology | ![]() mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / lyase activity / calcium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fujiwara, T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for the minimal bifunctional alginate epimerase AlgE3 from Azotobacter chroococcum. Authors: Fujiwara, T. / Mano, E. / Nango, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 243.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ja4C ![]() 8jazC ![]() 8xfqC ![]() 8xfrC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 52846.688 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: algE7, Achr_39570 / Production host: ![]() ![]() | ||||||
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#2: Polysaccharide | beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||
#3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M sodium acetate, pH4.5-pH4.9, 24-30% w/v PEG 4000, 15% v/v glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 2, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→48.3 Å / Num. obs: 45050 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 21.9 % / Biso Wilson estimate: 40.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 18.02 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.072 Å / Redundancy: 22.2 % / Rmerge(I) obs: 1.524 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 4519 / CC1/2: 0.859 / CC star: 0.961 / Rpim(I) all: 0.329 / Rrim(I) all: 1.56 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→48.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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