PDB-8xfa: Structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB mut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xfa

タイトル

Structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB mutant Y137A from Streptococcus pyogenes with ferrioxamine E bound

要素

Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Streptococcus pyogenes / siderophore / hydroxamate / FtsB / ABC transporter / alanine scanning / antibiotic strategy / ferrioxamine E

機能・相同性

機能・相同性情報

iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Fernandez-Perez, J. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the ligand promiscuity of the hydroxamate siderophore binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes.
著者: Fernandez-Perez, J. / Senoo, A. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / de Vega, S. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xfa.cif.gz	79.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xfa.ent.gz	53.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xetC 8xeuSC 8xf4C 8xf7C 8xf8C 8xf9C 8xfiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

ヘテロ分子

32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.817, 61.723, 69.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB 分子量: 31757.389 Da / 分子数: 1 / 変異: Y137A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F66_02370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5S4TPK8
#2: 化合物	ChemComp-6L0 / (8E)-6,17,28-trihydroxy-1,6,12,17,23,28-hexaazacyclotritriacont-8-ene-2,5,13,16,24,27-hexone 分子量: 598.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆N₆O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM KSCN 30% PEG MME-550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→46.2 Å / Num. obs: 22069 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1187 / CC_1/2: 0.729 / R_pim(I) all: 0.292

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	Feb 5, 2021 BUILT=20210323	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8XEU

8xeu

解像度: 1.85→46.177 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.126 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2203	817	3.71 %
R_work	0.1714	21205	-
all	0.173	-	-
obs	-	22022	98.944 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.272 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.253 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.152 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.101 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2191	0	49	187	2427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.393	1.861	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.493	1.802	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.045	5	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.768	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.487	10	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.556	10	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.064	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.339	2.185	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.337	2.185	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.973	3.921	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.972	3.923	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.378	2.484	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.377	2.484	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.784	4.42	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.783	4.42	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.667	23.854	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.639	23.585	2601

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.245	64	0.228	1398	0.228	1656	0.952	0.962	88.285	0.196
1.898-1.95	0.257	56	0.224	1444	0.225	1533	0.96	0.964	97.8474	0.191
1.95-2.006	0.206	63	0.194	1451	0.195	1522	0.974	0.975	99.4744	0.159
2.006-2.068	0.265	47	0.187	1473	0.189	1520	0.963	0.977	100	0.158
2.068-2.136	0.224	54	0.174	1378	0.176	1432	0.962	0.979	100	0.142
2.136-2.21	0.176	50	0.163	1355	0.164	1405	0.981	0.983	100	0.14
2.21-2.294	0.212	41	0.16	1319	0.161	1360	0.971	0.983	100	0.133
2.294-2.387	0.184	38	0.148	1258	0.149	1296	0.975	0.986	100	0.123
2.387-2.493	0.205	48	0.151	1204	0.153	1252	0.975	0.985	100	0.127
2.493-2.614	0.22	45	0.162	1151	0.164	1196	0.981	0.984	100	0.136
2.614-2.755	0.24	50	0.168	1100	0.171	1150	0.965	0.982	100	0.142
2.755-2.922	0.21	51	0.172	1044	0.174	1095	0.971	0.981	100	0.147
2.922-3.122	0.241	39	0.176	985	0.179	1024	0.968	0.98	100	0.155
3.122-3.371	0.212	38	0.184	924	0.185	962	0.975	0.98	100	0.164
3.371-3.691	0.236	27	0.176	873	0.177	900	0.968	0.983	100	0.164
3.691-4.124	0.187	22	0.155	779	0.156	801	0.974	0.987	100	0.146
4.124-4.755	0.221	31	0.144	695	0.147	726	0.972	0.987	100	0.136
4.755-5.808	0.291	30	0.181	594	0.186	624	0.965	0.985	100	0.17
5.808-8.15	0.188	16	0.203	473	0.202	489	0.975	0.98	100	0.188
8.15-46.177	0.102	7	0.16	307	0.159	314	0.988	0.974	100	0.159

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