PDB-8xf9: High-resolution structure of the siderophore periplasmic binding ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xf9

タイトル

High-resolution structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB mutant Y137A from Streptococcus pyogenes

要素

Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Streptococcus pyogenes / siderophore / hydroxamate / FtsB / ABC transporter / alanine scanning / antibiotic strategy

機能・相同性

機能・相同性情報

iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Fernandez-Perez, J. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the ligand promiscuity of the hydroxamate siderophore binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes.
著者: Fernandez-Perez, J. / Senoo, A. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / de Vega, S. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xf9.cif.gz	187.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xf9.ent.gz	112.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xf9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xf9_validation.pdf.gz	693.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xf9_full_validation.pdf.gz	694 KB	表示
XML形式データ	8xf9_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	8xf9_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/8xf9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xetC 8xeuC 8xf4C 8xf7C 8xf8C 8xfaC 8xfiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.847, 75.847, 102.622
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein FtsB 分子量: 31757.389 Da / 分子数: 1 / 変異: Y137A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F66_02370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5S4TPK8

-
非ポリマー , 7種, 388分子

#2: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM Zinc sulfate 100 mM MES pH 6.5 25% PEG MME-550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→40.4 Å / Num. obs: 118354 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / R_merge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5830 / CC_1/2: 0.732 / R_pim(I) all: 0.341

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	Feb 5, 2021 BUILT=20210323	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.15→40.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.841 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1468	2410	2.038 %
R_work	0.1311	115867	-
all	0.1314	-	-
obs	-	118277	99.996 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.173 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0.03 Å²	-0 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.194 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→40.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2215	0	45	375	2635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2363
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.849	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.566	1.779	5457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.772	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.36	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.444	10	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.013	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.149	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.355	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.086	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.769	1.33	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.762	1.329	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.057	2.403	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.061	2.404	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.626	1.635	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.57	1.632	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.848	2.862	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.782	2.852	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.667	17.945	2776
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.615	16.153	2655
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.926	3	4709

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.18	0.235	198	0.198	8492	X-RAY DIFFRACTION	99.977
1.18-1.212	0.167	209	0.165	8297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.212-1.247	0.156	179	0.15	8087	X-RAY DIFFRACTION	99.9879
1.247-1.286	0.174	165	0.143	7885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.286-1.328	0.14	144	0.129	7674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.328-1.374	0.123	142	0.115	7352	X-RAY DIFFRACTION	100
1.374-1.426	0.129	164	0.11	7138	X-RAY DIFFRACTION	100
1.426-1.484	0.125	136	0.101	6850	X-RAY DIFFRACTION	100
1.484-1.55	0.115	137	0.097	6588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.626	0.13	121	0.098	6265	X-RAY DIFFRACTION	100
1.626-1.714	0.123	132	0.102	5979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.714-1.817	0.123	135	0.104	5675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.817-1.942	0.117	96	0.112	5354	X-RAY DIFFRACTION	100
1.942-2.098	0.132	85	0.118	4977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.098-2.297	0.128	99	0.118	4568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.297-2.567	0.146	69	0.123	4144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.567-2.963	0.151	72	0.139	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.963-3.624	0.159	61	0.151	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
3.624-5.104	0.163	52	0.147	2411	X-RAY DIFFRACTION	100
5.104-40.4	0.273	14	0.201	1367	X-RAY DIFFRACTION	100

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