PDB-8xet: High-resolution structure of the siderophore periplasmic binding ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xet

タイトル

High-resolution structure of the siderophore periplasmic binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes

要素

Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Streptococcus pyogenes / siderophore / hydroxamate / FtsB / ABC transporter / alanine scanning / antibiotic strategy

機能・相同性

機能・相同性情報

iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.11 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Fernandez-Perez, J. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the ligand promiscuity of the hydroxamate siderophore binding protein FtsB from Streptococcus pyogenes.
著者: Fernandez-Perez, J. / Senoo, A. / Caaveiro, J.M.M. / Nakakido, M. / de Vega, S. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xet.cif.gz	191.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xet.ent.gz	114.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xet_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xet_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8xet_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	8xet_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/8xet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/8xet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xeuSC 8xf4C 8xf7C 8xf8C 8xf9C 8xfaC 8xfiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.924, 75.924, 102.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Iron-hydroxamate ABC transporter substrate-binding protein / FtsB 分子量: 31849.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes SSI-1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F66_02370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5S4TPK8

-
非ポリマー , 8種, 428分子

#2: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM Zinc sulfate 100 mM MES pH 6.5 25% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.11→40.5 Å / Num. obs: 132170 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 1.11→1.13 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6524 / CC_1/2: 0.751 / R_pim(I) all: 0.29 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	Feb 5, 2021 BUILT=20210323	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8XEU

8xeu

解像度: 1.11→40.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 0.636 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1424	2607	1.974 %
R_work	0.131	129484	-
all	0.131	-	-
obs	-	132091	99.958 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.208 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.106 Å²	0.053 Å²	0 Å²
2-	-	0.106 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.344 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.11→40.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2222	0	58	418	2698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.553	1.663	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.526	1.579	5499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.932	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.8	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.065	10	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.338	10	94
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.171	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.163	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.833	1.334	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.823	1.334	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.028	2.41	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.033	2.41	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.849	1.652	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.848	1.654	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.999	2.873	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.997	2.875	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.333	18.257	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.699	15.539	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.981	3	4741

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.11-1.139	0.188	196	0.195	9501	X-RAY DIFFRACTION	99.4666
1.139-1.17	0.174	172	0.156	9359	X-RAY DIFFRACTION	99.9895
1.17-1.204	0.149	181	0.123	9069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.204-1.241	0.127	197	0.114	8781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.241-1.282	0.123	168	0.11	8496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.282-1.326	0.121	179	0.1	8249	X-RAY DIFFRACTION	100
1.326-1.377	0.124	163	0.094	7972	X-RAY DIFFRACTION	100
1.377-1.433	0.106	135	0.093	7725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.433-1.496	0.107	145	0.093	7304	X-RAY DIFFRACTION	100
1.496-1.569	0.117	140	0.092	7022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.569-1.654	0.119	148	0.098	6697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.654-1.754	0.125	146	0.104	6328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.754-1.875	0.137	99	0.117	5953	X-RAY DIFFRACTION	100
1.875-2.025	0.134	103	0.122	5542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.025-2.218	0.146	105	0.127	5111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.218-2.478	0.162	95	0.127	4623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.478-2.86	0.14	84	0.144	4078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.498	0.173	82	0.158	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
3.498-4.929	0.144	37	0.154	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.929-40.5	0.151	32	0.189	1518	X-RAY DIFFRACTION	100

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