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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xe4 | |||||||||
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タイトル | norbelladine 4'-O-methyltransferase complexed with Mg, SAH, and norbelladine | |||||||||
![]() | Norbelladine 4'-O-methyltransferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases 著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 494 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8xdoC ![]() 8xdpC ![]() 8xdqC ![]() 8xdrC ![]() 8xdsC ![]() 8xdtC ![]() 8xduC ![]() 8xdvC ![]() 8xdyC ![]() 8xe0C ![]() 8xe2C ![]() 8xe3C ![]() 8xe5C ![]() 8z8oC ![]() 8z8pC ![]() 8z8rC ![]() 8z8sC ![]() 8zfwC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 27397.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: N4OMT / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 842分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-SAH / #4: 化合物 | 分子量: 259.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→45.9 Å / Num. obs: 128044 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4478 / CC1/2: 0.718 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→45.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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