PDB-8xe4: norbelladine 4'-O-methyltransferase complexed with Mg, SAH, and n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xe4

タイトル

norbelladine 4'-O-methyltransferase complexed with Mg, SAH, and norbelladine

要素

Norbelladine 4'-O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-methyltransferase family protein / NpN4OMT

機能・相同性

機能・相同性情報

norbelladine O-methyltransferase / alkaloid metabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Saw, Y.Y.H. / Nakashima, Y. / Morita, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Catalytic Mechanism of Amaryllidaceae O-Methyltransferases
著者: Hnin, S.Y.Y. / Nakashima, Y. / Kodama, T. / Morita, H.

履歴

登録	2023年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xe4.cif.gz	494 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xe4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xe4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/8xe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/8xe4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8xdoC 8xdpC 8xdqC 8xdrC 8xdsC 8xdtC 8xduC 8xdvC 8xdyC 8xe0C 8xe2C 8xe3C 8xe5C 8z8oC 8z8pC 8z8rC 8z8sC 8zfwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

C: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

D: Norbelladine 4'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.728, 79.668, 92.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.852, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Norbelladine 4'-O-methyltransferase 分子量: 27397.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Narcissus pseudonarcissus MK-2014 (植物) 遺伝子: N4OMT / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A077EWA5

-
非ポリマー , 5種, 842分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-A1LU2 / Norbelladine 分子量: 259.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.04 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→45.9 Å / Num. obs: 128044 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.4 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4478 / CC_1/2: 0.718 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→45.9 Å / SU ML: 0.1916 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 19.896
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	6544	5.11 %
R_work	0.17	121500	-
obs	0.1719	128044	97.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→45.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7706	0	44	831	8581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	8117
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7318	11069
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1415
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.3551	2989

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-1.98	0.2854	224	0.2498	4057	X-RAY DIFFRACTION	98.75
1.98-2.01	0.2757	239	0.2479	4122	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.01-2.03	0.2751	202	0.2425	4124	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.03-2.06	0.2905	218	0.2332	4104	X-RAY DIFFRACTION	98.52
2.06-2.08	0.2382	234	0.2248	4089	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.08-2.11	0.2737	255	0.2272	4086	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.11-2.14	0.2418	217	0.215	4169	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.14-2.17	0.2266	258	0.2096	4046	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.17-2.21	0.2569	220	0.2097	4043	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.21-2.24	0.2276	199	0.2034	4153	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.24-2.28	0.2445	231	0.1921	4049	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.28-2.32	0.2297	189	0.1903	4121	X-RAY DIFFRACTION	98.02
2.32-2.37	0.2098	211	0.189	4080	X-RAY DIFFRACTION	98.04
2.37-2.42	0.2332	219	0.1784	4079	X-RAY DIFFRACTION	97.44
2.42-2.47	0.2062	204	0.1803	3972	X-RAY DIFFRACTION	96.09
2.47-2.53	0.2116	204	0.1817	3962	X-RAY DIFFRACTION	94.62
2.53-2.59	0.2475	202	0.1775	3869	X-RAY DIFFRACTION	91.92
2.59-2.66	0.2178	220	0.1698	3814	X-RAY DIFFRACTION	92.74
2.66-2.74	0.2148	216	0.1677	4028	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.74-2.83	0.2245	213	0.1769	4157	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.83-2.93	0.2224	244	0.1704	4082	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.93-3.04	0.2165	202	0.1639	4057	X-RAY DIFFRACTION	98.11
3.04-3.18	0.1946	225	0.1612	4088	X-RAY DIFFRACTION	97.93
3.18-3.35	0.1918	233	0.1449	4049	X-RAY DIFFRACTION	98.12
3.35-3.56	0.1501	254	0.1363	4016	X-RAY DIFFRACTION	96.96
3.56-3.84	0.1644	217	0.1319	4050	X-RAY DIFFRACTION	96.78
3.84-4.22	0.1454	223	0.1237	3965	X-RAY DIFFRACTION	95.88
4.22-4.83	0.1435	193	0.1215	4034	X-RAY DIFFRACTION	96.13
4.83-6.09	0.2335	171	0.161	4067	X-RAY DIFFRACTION	96.23
6.09-45.9	0.1927	207	0.1586	3968	X-RAY DIFFRACTION	95.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0160740103695	-0.0157074648074	0.0209312105222	0.0073092037725	-0.0247257292126	0.0289046989146	-0.012658699855	0.0515124741126	-0.0292589439755	0.00530277392806	0.0179303184182	-0.0514201089159	-0.015958428051	0.203691702524	-1.6993375987E-6	0.186413770368	0.0215537241438	0.0214696779142	0.193782560056	-0.00400185105888	0.165662838871	18.5553024155	6.69789483686	-4.25222468857
2	0.464427002154	0.113813923796	0.0969321781961	0.0925958396995	0.239557542218	0.433615002046	-0.00886126506736	-0.0674055164407	-0.052876395993	0.0569925026533	0.0170903092069	-0.0605636076611	-0.0365336572991	0.146678428976	-0.0595087008691	0.0503006201989	0.0278034019231	-0.0155397614062	0.108638098989	-0.0251265031959	0.0850480800653	23.5041110016	-8.07597399234	8.27089254215
3	0.139887567474	-0.163749138934	0.0138388723156	0.134861128329	0.0174266347857	0.10046432238	0.0137659350719	-0.00464403708016	0.0149024783467	-0.0190067287308	0.0207258733989	-0.0216001207377	0.0128697425092	0.0945639467132	0.0233898317834	0.111092546618	0.00613323713752	0.0114899290139	0.0597617525983	-0.0125940786889	0.0829971374807	12.8740107427	-9.41237717649	-6.29604359
4	0.0322914771651	-0.00386445020428	0.0135704107479	0.104935024531	0.0421585017847	0.142738998381	-0.0141484693509	-0.312830039256	0.292042973662	-0.0158270840756	-0.0553380748798	-0.197486233059	-0.208132317741	0.236224484619	-0.0203729430397	0.11059871601	-0.0420068596204	0.00138440344144	0.207940161588	-0.0381515897204	0.233626361487	43.595616399	9.49040727735	-32.2725721686
5	1.43761063276	-0.365798892873	-0.0332815026481	0.290001640364	0.128418260994	0.345524612818	-0.0793810000694	-0.275007153829	0.0383591801167	-0.0251005062396	0.0916975354694	-0.0960713313258	0.0121147862431	0.0282990594433	-0.0132609886987	0.053868681065	0.00338194171239	-0.0088908058892	0.110983832272	-0.015443103863	0.0795414006221	49.5742669176	-6.58314894856	-31.9684504473
6	0.110051385914	0.0148755808699	0.015096367772	0.041954638632	-0.00696444588877	0.0830994691464	-0.0590943097791	0.075435919109	0.0743527583855	-0.0401434048066	0.0249542154347	0.24013352924	-0.0861872299499	-0.11072501759	-0.0153255963777	0.0831183386292	0.0289703484388	0.0250907417146	0.0502818399308	-0.00440848426249	0.1109599773	57.43817316	-0.470792873362	1.6069430074
7	0.160757199545	0.0353132983128	-0.116929052825	0.217691983773	0.146691640689	0.33404385611	-0.00767437169245	-0.00396212139095	0.0508313477698	0.00406665955348	0.0370581345168	0.0579036175258	0.0202091951213	-0.0300894013264	0.0249432983482	0.105039125088	0.0114082430571	0.00860810102846	0.0725369378736	0.0181456906657	0.0879829623102	55.0850414533	-14.0594148291	8.37090388163
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 154 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -2 through 35 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 36 through 239 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid -2 through 35 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 36 through 118 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 119 through 157 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 158 through 239 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 4 through 18 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 19 through 56 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 57 through 78 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 79 through 118 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 119 through 157 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 158 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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