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- PDB-8xbm: Structure of Cx43/GJA1 gap junction intercellular channel in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xbm
タイトルStructure of Cx43/GJA1 gap junction intercellular channel in complex with diC8-PIP2
要素Gap junction alpha-1 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cx43 gap junction channel / PIP2 / Cytoplasmic loop / Opening
機能・相同性
機能・相同性情報


gap junction channel activity involved in cardiac conduction electrical coupling / negative regulation of gonadotropin secretion / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / cell communication by electrical coupling / negative regulation of trophoblast cell migration / gap junction hemi-channel activity / microtubule-based transport / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling ...gap junction channel activity involved in cardiac conduction electrical coupling / negative regulation of gonadotropin secretion / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / cell communication by electrical coupling / negative regulation of trophoblast cell migration / gap junction hemi-channel activity / microtubule-based transport / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / monoatomic ion transmembrane transporter activity / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / glutathione transmembrane transporter activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / gap junction assembly / atrial cardiac muscle cell action potential / Regulation of gap junction activity / cardiac conduction system development / connexin complex / gap junction / Formation of annular gap junctions / cell-cell contact zone / Golgi-associated vesicle membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Gap junction degradation / bone remodeling / Gap junction assembly / gap junction channel activity / export across plasma membrane / glutamate secretion / tight junction / xenobiotic transport / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of stem cell proliferation / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / establishment of mitotic spindle orientation / efflux transmembrane transporter activity / intercalated disc / alpha-tubulin binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / tubulin binding / negative regulation of cell growth / bone development / beta-catenin binding / cellular response to amyloid-beta / cell junction / intracellular protein localization / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / spermatogenesis / monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / apical plasma membrane / membrane raft / Golgi membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily ...Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIO / Gap junction alpha-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lee, H.J. / Cha, H.J. / Woo, J.S.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
Other privateSUHF-18010097
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00217798 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PIP2-dependent conformational changes and stabilization of cytoplasmic loop in Cx43/GJA1 gap junction channel
著者: Lee, H.J. / Cha, H.J. / Woo, J.S.
履歴
登録2023年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gap junction alpha-1 protein
B: Gap junction alpha-1 protein
C: Gap junction alpha-1 protein
D: Gap junction alpha-1 protein
E: Gap junction alpha-1 protein
F: Gap junction alpha-1 protein
G: Gap junction alpha-1 protein
H: Gap junction alpha-1 protein
I: Gap junction alpha-1 protein
J: Gap junction alpha-1 protein
K: Gap junction alpha-1 protein
L: Gap junction alpha-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,45524
ポリマ－351,49712
非ポリマー8,95912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Gap junction alpha-1 protein / Connexin-43 / Cx43 / Gap junction 43 kDa heart protein


分子量: 29291.387 Da / 分子数: 12 / 断片: C-terminal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GJA1, GJAL / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17302
#2: 化合物
ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dodecameric complex of human Cx43-M257 in lipid nanodiscs (POPE) in the presence of diC8-PIP2 (16-fold molar excess)
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Human Cx43-M257 gap junction channel in complex with diC8-PIP2 (16-fold molar excess) with pore-lining NTH (PLN) conformation
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 3.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D6 (2回x6回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4412 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00223424
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44531620
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.8588664
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0343576
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0023744

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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