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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x93 | ||||||
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タイトル | P/Q type calcium channel in complex with omega-Agatoxin IVA | ||||||
要素 | (Voltage-dependent ...) x 3 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / voltage-gated calcium channel in complex with toxin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / NCAM1 interactions / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization ...regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / NCAM1 interactions / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / calcium ion transport into cytosol / syntaxin binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / calcium ion import across plasma membrane / neuronal dense core vesicle / regulation of heart rate by cardiac conduction / response to amyloid-beta / regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / voltage-gated calcium channel activity / sarcoplasmic reticulum / cell projection / protein localization to plasma membrane / Regulation of insulin secretion / calcium ion transmembrane transport / modulation of chemical synaptic transmission / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / T cell receptor signaling pathway / amyloid-beta binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / neuronal cell body / synapse / extracellular exosome / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, N. / Li, Z. / Cong, Y. / Wu, T. / Wang, T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2024 タイトル: Structural basis for different ω-agatoxin IVA sensitivities of the P-type and Q-type Ca2.1 channels. 著者: Zhangqiang Li / Ye Cong / Tong Wu / Tongtong Wang / Xinyao Lou / Xinyu Yang / Nieng Yan / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8x93.cif.gz | 532.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8x93.ent.gz | 408.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8x93.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8x93_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8x93_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8x93_validation.xml.gz | 82.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8x93_validation.cif.gz | 122.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/8x93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/8x93 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38160MC 8x90C 8x91C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Voltage-dependent ... , 3種, 3分子 CBA
#1: タンパク質 | 分子量: 56231.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACNB3, CACNLB3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P54284 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 126316.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACNA2D1, CACNL2A, CCHL2A, MHS3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P54289 |
#3: タンパク質 | 分子量: 287534.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACNA1A, CACH4, CACN3, CACNL1A4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00555 |
-糖 , 4種, 7分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#5: 多糖 | #6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 糖 | |
-非ポリマー , 5種, 13分子
#7: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-CLR / #10: 化合物 | ChemComp-PT5 / [( | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-3PE / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Voltage-gated P/Q type calcium channel in complex with omega-Agatoxin IVA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 201715 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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