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万見
- PDB-8x8g: Crystal structure of EndoSz mutant D234M, from Streptococcus equi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x8g
タイトルCrystal structure of EndoSz mutant D234M, from Streptococcus equi subsp. Zooepidemicus Sz105, in complex with oligosaccharide G2S2-oxazoline
要素glycoside hydrolase
キーワードHYDROLASE / N-linked glycan / glycoside hydrolase / transglycosylation / G2S2-oxazoline
機能・相同性: / Chem-NGO
機能・相同性情報
生物種Streptococcus equi subsp. zooepidemicus Sz105 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Guan, H.H. / Lin, C.C. / Hsieh, Y.C. / Chen, C.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2024
タイトル: Structure-Based High-Efficiency Homogeneous Antibody Platform by Endoglycosidase Sz Provides Insights into Its Transglycosylation Mechanism.
著者: Hsieh, Y.C. / Guan, H.H. / Lin, C.C. / Huang, T.Y. / Chuankhayan, P. / Chen, N.C. / Wang, N.H. / Hu, P.L. / Tsai, Y.C. / Huang, Y.C. / Yoshimura, M. / Lin, P.J. / Hsieh, Y.H. / Chen, C.J.
履歴
登録2023年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,6814
ポリマ－107,6201
非ポリマー2,0623
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.061, 232.603, 50.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 glycoside hydrolase


分子量: 107619.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus equi subsp. zooepidemicus Sz105 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / 分子量: 1817.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: BIRD: PRD_002420
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-4-5-2-3-4-5/a3-b1_a6-f1_b2-c1_c4-d1_d6-e2_f2-g1_g4-h1_h6-i2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NGO / 2-METHYL-4,5-DIHYDRO-(1,2-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSO)[2,1-D]-1,3-OXAZOLE / N-ACETYLGLUCOSAMINE-OXAZOLINIUM ION INTERMEDIATE


タイプ: Oligosaccharide / 分子量: 204.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: BIRD: PRD_002420
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium HEPES (0.1 M, pH 7.5) and sodium citrate tribasic (1.4M)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→46.44 Å / Num. obs: 56140 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Num. unique obs: 5550 / CC1/2: 0.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→46.44 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 2846 5.07 %
Rwork0.2075 --
obs0.2096 56113 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→46.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6902 0 138 294 7334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9179692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.571027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521096
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.310.31131480.26762666X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.350.27261450.25932611X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.40.3091280.25282631X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.450.35641260.25352613X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.50.34621470.25162639X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.560.30041480.25432647X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.620.31531300.2442636X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.690.28811370.23732662X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.770.25311260.23692639X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.860.25971640.23222624X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.960.24791310.23162670X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.080.33761350.23542640X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.220.32671470.22942654X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.390.28471390.21812688X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.60.2481240.20442677X-RAY DIFFRACTION99
3.6-3.880.23581400.19322665X-RAY DIFFRACTION99
3.88-4.270.2171490.17272661X-RAY DIFFRACTION99
4.27-4.890.19431500.16222679X-RAY DIFFRACTION99
4.89-6.160.20871650.19142720X-RAY DIFFRACTION99
6.16-46.440.21981670.20042845X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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