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万見
- PDB-8x63: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x63
タイトルCryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex with mepyramine
要素Histamine H1 receptor,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


Histamine receptors / histamine receptor activity / regulation of vascular permeability / cellular response to histamine / positive regulation of vasoconstriction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / electron transport chain / visual learning / regulation of synaptic plasticity / memory ...Histamine receptors / histamine receptor activity / regulation of vascular permeability / cellular response to histamine / positive regulation of vasoconstriction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / electron transport chain / visual learning / regulation of synaptic plasticity / memory / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / dendrite / synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histamine H1 receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
mepyramine / Soluble cytochrome b562 / Histamine H1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, D.D. / Guo, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of antihistamines recognition and regulation of the histamine H receptor.
著者: Dandan Wang / Qiong Guo / Zhangsong Wu / Ming Li / Binbin He / Yang Du / Kaiming Zhang / Yuyong Tao /
要旨: Histamine receptors are a group of G protein-coupled receptors (GPCRs) that play important roles in various physiological and pathophysiological conditions. Antihistamines that target the histamine H ...Histamine receptors are a group of G protein-coupled receptors (GPCRs) that play important roles in various physiological and pathophysiological conditions. Antihistamines that target the histamine H receptor (HR) have been widely used to relieve the symptoms of allergy and inflammation. Here, to uncover the details of the regulation of HR by the known second-generation antihistamines, thereby providing clues for the rational design of newer antihistamines, we determine the cryo-EM structure of HR in the apo form and bound to different antihistamines. In addition to the deep hydrophobic cavity, we identify a secondary ligand-binding site in HR, which potentially may support the introduction of new derivative groups to generate newer antihistamines. Furthermore, these structures show that antihistamines exert inverse regulation by utilizing a shared phenyl group that inserts into the deep cavity and block the movement of the toggle switch residue W428. Together, these results enrich our understanding of GPCR modulation and facilitate the structure-based design of novel antihistamines.
履歴
登録2023年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年1月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年1月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Histamine H1 receptor,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9152
ポリマ－50,6291
非ポリマー2851
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Histamine H1 receptor,Soluble cytochrome b562 / H1R / HH1R / Cytochrome b-562


分子量: 50629.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HRH1, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35367, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-Y5E / mepyramine / ~{N}'-[(4-methoxyphenyl)methyl]-~{N},~{N}-dimethyl-~{N}'-pyridin-2-yl-ethane-1,2-diamine / ピリラミン


分子量: 285.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CryoEM structure of the histamine H1 receptor-BRIL/Anti BRIL Fab complex with mepyramine
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 387910 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0042317
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6323144
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.802302
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043357
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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