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万見
- PDB-8x35: Neryl diphosphate synthase from Solanum lycopersicum complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x35
タイトルNeryl diphosphate synthase from Solanum lycopersicum complexed with DMSAPP, IPP, and magnesium ion (form A)
要素Neryl diphosphate synthase 1
キーワードTRANSFERASE / cis-prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylallylcistransferase / dimethylallylcistransferase activity / plastid membrane organization / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / prenyltransferase activity / chloroplast stroma / response to cold / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Kataoka, K. ...Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamamoto, M. / Takahashi, S. / Yamashita, S.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H05470 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101070 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K19143 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22KJ1466 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02909 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02115 日本
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Structural-Functional Correlations between Unique N-terminal Region and C-terminal Conserved Motif in Short-chain cis-Prenyltransferase from Tomato.
著者: Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Waki, T. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamamoto, ...著者: Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Waki, T. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamamoto, M. / Takahashi, S. / Yamashita, S.
履歴
登録2023年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neryl diphosphate synthase 1
B: Neryl diphosphate synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,67310
ポリマ－69,6002
非ポリマー1,0738
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.310, 49.230, 121.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.067, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neryl diphosphate synthase 1 / Dimethylallylcistransferase CPT1 / chloroplastic / Cis-prenyltransferase 1 / SlCPT1


分子量: 34799.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: CPT1, NDPS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1K5M2, dimethylallylcistransferase

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非ポリマー , 7種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル


分子量: 262.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: DL-malic acid, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 44740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.92→2.04 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 7185 / CC1/2: 0.771 / Rrim(I) all: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
PHENIX1.20.1-4487精密化
DIALSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VPC

7vpc


解像度: 1.92→49.146 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 2237 5 %
Rwork0.219 42503 -
all0.221 --
obs-44740 99.989 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 49.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.084 Å20 Å20.056 Å2
2--5.321 Å20 Å2
3----3.236 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→49.146 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3778 0 59 99 3936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0123912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0163734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.6495265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7351.5748611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7255463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.549521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.00251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.34710730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg17.85710188
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.220.23316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21862
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.22120
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1340.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0430.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2320.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2670.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8464.9321867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8464.9311867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.898.8222325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8928.8242326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0865.2872045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0855.2862046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7449.5922940
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7439.5912941
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.73146.0214226
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.72946.0234218
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.92-1.970.5581670.6231750.61633420.6670.6181000.61
1.97-2.0240.451560.47829780.47731340.8240.8031000.478
2.024-2.0820.4031550.35229440.35430990.8490.861000.347
2.082-2.1460.3531520.29128750.29430270.8770.8911000.283
2.146-2.2170.321470.26527930.26829400.9090.9291000.255
2.217-2.2940.3221430.25127200.25528630.9240.9441000.237
2.294-2.3810.2581360.24225790.24327150.950.9541000.225
2.381-2.4780.2771320.24625180.24826500.9420.9561000.233
2.478-2.5870.3151260.23923950.24325210.9370.961000.225
2.587-2.7130.2821210.23722900.23924120.9430.96399.95850.229
2.713-2.860.3241160.23722040.24123200.9310.9621000.23
2.86-3.0320.2451090.23620730.23621820.9580.9641000.234
3.032-3.2410.2731030.23519630.23720660.9560.9661000.24
3.241-3.4990.283960.21618160.21919120.9510.9721000.224
3.499-3.8310.231880.18716870.18917750.9660.981000.201
3.831-4.280.197810.16415220.16516030.9770.9831000.19
4.28-4.9360.165720.14613720.14714440.9830.9871000.183
4.936-6.0310.249600.18811520.19112120.9680.9831000.23
6.031-8.4650.226480.28950.2019440.9730.97999.89410.256
8.465-49.1460.181290.1655520.1665820.9840.98199.82820.254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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