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万見
- PDB-7vpc: Neryl diphosphate synthase from Solanum lycopersicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vpc
タイトルNeryl diphosphate synthase from Solanum lycopersicum
要素Neryl-diphosphate synthase 1
キーワードTRANSFERASE / Isoprenoid / Neryl diphosphate / Tomato / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylallylcistransferase / dimethylallylcistransferase activity / plastid membrane organization / polyprenol biosynthetic process / prenyltransferase activity / chloroplast stroma / response to cold / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Imaizumi, R. / Misawa, S. / Takeshita, K. / Sakai, N. / Yamamoto, M. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Takahashi, S. / Yamashita, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02115 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101329 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Structure-based engineering of a short-chain cis-prenyltransferase to biosynthesize nonnatural all-cis-polyisoprenoids: molecular mechanisms for primer substrate recognition and ...タイトル: Structure-based engineering of a short-chain cis-prenyltransferase to biosynthesize nonnatural all-cis-polyisoprenoids: molecular mechanisms for primer substrate recognition and ultimate product chain-length determination.
著者: Kutsukawa, R. / Imaizumi, R. / Suenaga-Hiromori, M. / Takeshita, K. / Sakai, N. / Misawa, S. / Yamamoto, M. / Yamaguchi, H. / Miyagi-Inoue, Y. / Waki, T. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / ...著者: Kutsukawa, R. / Imaizumi, R. / Suenaga-Hiromori, M. / Takeshita, K. / Sakai, N. / Misawa, S. / Yamamoto, M. / Yamaguchi, H. / Miyagi-Inoue, Y. / Waki, T. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamashita, S. / Takahashi, S.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neryl-diphosphate synthase 1
B: Neryl-diphosphate synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,05912
ポリマ－60,2952
非ポリマー76510
水3,549197
1
A: Neryl-diphosphate synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5927
ポリマ－30,1471
非ポリマー4446
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
2
B: Neryl-diphosphate synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4685
ポリマ－30,1471
非ポリマー3204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.643, 49.464, 119.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Neryl-diphosphate synthase 1 / Dimethylallylcistransferase CPT1 / chloroplastic / Cis-prenyltransferase 1 / SlCPT1


分子量: 30147.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: CPT1, NDPS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1K5M2, dimethylallylcistransferase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, DL-malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 83643 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.16 % / CC1/2: 0.929 / Rmerge(I) obs: 0.32 / Rpim(I) all: 0.205 / Rrim(I) all: 0.351 / Net I/σ(I): 5.61
反射 シェル解像度: 1.94→2.05 Å / 冗長度: 2.99 % / Rmerge(I) obs: 1.405 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 13527 / CC1/2: 0.523 / Rpim(I) all: 0.929 / Rrim(I) all: 1.556 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HXT

5hxt


解像度: 1.94→49.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.004 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25502 2260 5.3 %RANDOM
Rwork0.19999 ---
obs0.20298 40769 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.375 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.31 Å20 Å21.24 Å2
2--4.42 Å20 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.94→49.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3819 0 50 197 4066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.6475295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2731.5818622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6545470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37823.445209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.04915743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3451520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02803
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6954.8191889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6944.8171888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3477.2052356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3477.2072357
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7315.4552057
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7295.4552058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2427.9322939
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.71157.2764394
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.69257.194374
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.556 164 -
Rwork0.536 3010 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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