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- PDB-8x37: Neryl diphosphate synthase from Solanum lycopersicum complexed wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8x37 | |||||||||||||||||||||
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Title | Neryl diphosphate synthase from Solanum lycopersicum complexed with DMSAPP | |||||||||||||||||||||
![]() | Neryl-diphosphate synthase 1 | |||||||||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / cis-prenyltransferase | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() dimethylallylcistransferase / dimethylallylcistransferase activity / plastid membrane organization / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / prenyltransferase activity / chloroplast stroma / response to cold / chloroplast / magnesium ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Kataoka, K. ...Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamamoto, M. / Takahashi, S. / Yamashita, S. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural-Functional Correlations between Unique N-terminal Region and C-terminal Conserved Motif in Short-chain cis-Prenyltransferase from Tomato. Authors: Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Waki, T. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamamoto, ...Authors: Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Misawa, S. / Yamaguchi, H. / Sakai, N. / Miyagi-Inoue, Y. / Suenaga-Hiromori, M. / Waki, T. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamamoto, M. / Takahashi, S. / Yamashita, S. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 113.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 85.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8x35C ![]() 8x36C ![]() 7vpcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 53 - 299 / Label seq-ID: 12 - 258
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 30147.334 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GTMSARGLNKISCSL NLQTEKLCYEDNDNDLDEELMPKHIALIMDGNRRWAKDKGLEVYEGHKHIIPKLKEICDISSKLGIQIITAFAFSTENWKRSKEEVDFLL ...Details: GTMSARGLNKISCSL NLQTEKLCYEDNDNDLDEELMPKHIALIMDGNRRWAKDKGLEVYEGHKHIIPKLKEICDISSKLGIQIITAFAFSTENWKRSKEEVDFLL QMFEEIYDEFSRSGVRVSIIGCKSDLPMTLQKCIALTEETTKGNKGLHLVIALNYGGYYDILQATKSIVNKAMNGLLDVEDINKNLFDQE LESKCPNPDLLIRTGGEQRVSNFLLWQLAYTEFYFTNTLFPDFGEEDLKEAIMNFQQRHRRFGGHTY Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-DST / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: PEG3350, DL-Malic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 1, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→50 Å / Num. obs: 41220 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.6 % / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8.52 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.08 Å / Redundancy: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 6606 / CC1/2: 0.75 / Rrim(I) all: 2.65 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7VPC Resolution: 1.98→49.165 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.175 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.711 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→49.165 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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