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- PDB-8x2c: Crystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x2c
タイトルCrystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 influenza virus
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Jin, X.Y. / Han, P. / Song, H. / Qi, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82122040 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Enhanced binding of Sialyl Lewis X to hemagglutinin contributes to H5N8 mammalian pathogenicity and infectivity
著者: Jin, X. / Han, P. / Zhang, C. / Miao, A.D. / Shi, Y. / Qi, J. / Bi, Y. / Liu, Y. / Song, H. / Gao, G.F.
履歴
登録2023年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,30612
ポリマ－173,1123
非ポリマー2,1949
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14680 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area63130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.408, 107.033, 134.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.052, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 57703.988 Da / 分子数: 3 / 変異: A86V, T188I, H273N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)
参照: UniProt: A0A8E4ZAK5
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3 % dextran sulfate sodium salt, 0.1 M bicine pH 8.5, 19 % (w/v) PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 70001 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 48.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 13.754
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / Num. unique obs: 6980 / R split: 1.411

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc3_4028精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→28.27 Å / SU ML: 0.429 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.4458
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 1993 2.86 %
Rwork0.2306 67732 -
obs0.2317 69725 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11766 0 140 116 12022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002512174
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.605716487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04411788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.57481589
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.660.46391250.40084257X-RAY DIFFRACTION87.96
2.66-2.730.41921440.35864880X-RAY DIFFRACTION99.78
2.73-2.810.36641450.32664887X-RAY DIFFRACTION99.64
2.81-2.90.35931420.31234845X-RAY DIFFRACTION99.76
2.9-30.39021430.30294876X-RAY DIFFRACTION99.8
3-3.120.27181440.2854869X-RAY DIFFRACTION99.74
3.12-3.260.33011430.28134866X-RAY DIFFRACTION99.76
3.26-3.440.25361430.25314855X-RAY DIFFRACTION99.86
3.44-3.650.29151430.23154910X-RAY DIFFRACTION99.96
3.65-3.930.25261440.2154860X-RAY DIFFRACTION99.92
3.93-4.330.24511450.19164930X-RAY DIFFRACTION99.9
4.33-4.950.20521450.1714901X-RAY DIFFRACTION99.96
4.95-6.220.25591460.19224939X-RAY DIFFRACTION99.98
6.22-28.270.19491410.19124857X-RAY DIFFRACTION96.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.862930732253-0.1129944282141.719521327240.185789548879-0.2909384096435.05432208682-0.3691125027670.1696689178840.258341701695-0.24432984664-0.02821908249620.222310006016-0.7759705970010.2590604407160.3843753723120.720388358933-0.0533561441267-0.180774666440.3704253151220.04003921085460.51193072964711.160025476318.6422764407-39.8628725961
21.314941208660.427810506292-0.07407158181953.00398382163-0.2952784468522.47453888256-0.0701986701755-0.1386292850520.2654979127530.0148185554546-0.1423190347970.130939071998-0.5200675214-0.04435211900370.1924067979670.49716503468-0.0121316745258-0.05732961395240.242288259666-0.01179158987270.33977052252817.789498457614.7408321297-5.93176025325
33.939260217970.3869069714413.682982636893.665226328130.8724643830434.40940510194-0.124930654170.175043962150.0919471335029-0.1310006006860.169442896051-0.133352822991-0.4929194007490.2248410984730.09268331034550.603384203288-0.0290656366984-0.1328752625680.3390734879380.02759683414460.4471819859015.2399699355811.0231073315-54.4152337468
42.40291327165-1.148076850513.816434445392.00112824637-2.253363394677.812900429880.00294374791371-0.03933530403920.0415634031682-0.4815240943090.09988799329380.4477846116910.138551566482-0.554438059707-0.1051527012520.577887421835-0.0459578407108-0.1001224455610.4074095352320.01464010673760.554436479551-6.618264797577.50383913388-68.8183217957
51.960073737020.697263730588-0.2792253267120.5115428456550.4152020187053.051711542260.873932966397-0.366192831051-0.579455763429-0.306585742351-0.2919562197680.4166557572430.4380039435460.382870354559-0.5231979376371.46908451490.048292231137-0.3897229010190.572434003656-0.07876759109860.6405977911024.58645546705-19.8443741125-73.7576305608
61.636977142750.4957111540122.449989596951.664062234112.170874957525.538710487530.5096786082670.44023015327-0.349906308762-0.196638920797-0.1336345193930.02015732547191.141626995940.586892484582-0.372337221420.7473103860110.172828169129-0.1098884100920.5492687906-0.0328133340960.46704234252333.986088365-19.8517745568-34.452454574
71.7857894834-0.4548691872910.4480468083352.121075904550.584097309883.67716880810.08430625928960.156514772569-0.1082059401160.1810149532610.00392606883582-0.2217577943690.4254451768730.262723284337-0.07984735289230.4748399247980.0403043776351-0.127360543360.2877352364040.01933385353190.41693074483738.7699909013-11.8543495539-14.6902863017
81.10934198895-0.2882130825851.97625565910.590913649492-0.05598671629717.443947059140.1298057801970.267890211229-0.10595541435-0.440886047928-0.1272730457520.09737955138560.8181314072170.261094742443-0.03376651854061.120051722660.0690630318222-0.2479058885040.458910439702-0.01764627189260.57535123925210.6650380712-16.3643179371-70.4192321844
90.0565430514606-0.5651775728282.354563285340.478038331721-1.738345324899.8601347698-0.429703267560.01374038851190.2302580284360.312415223096-0.0936876237448-0.0951089549753-1.480249719750.5106073425910.5156755990470.907916605631-0.00828292753276-0.2418419526730.56192591202-0.003217478514860.65542536805715.4958038492-7.31191787951-53.6490869318
100.6990132770980.1687206734590.3713958872780.8614185511171.628586097884.214454706410.1783313557420.317173650468-0.00457061207375-0.650202633177-0.2649210475620.09086391858-0.0963764850063-0.1740285402730.1177248949821.156668501850.186757564402-0.2201169298670.502200550405-0.02577594281920.5985519872232.01736033163-8.90166202041-77.4884315948
111.423257300580.1010361914991.691302336360.703756918917-0.179645746654.047639823080.303477039043-0.27757645449-0.328045917742-0.08739642308920.05347064214880.2836912806070.811593788205-0.83336884129-0.3419915000190.636762617793-0.168488323542-0.09089590127820.4759077327590.08521299908980.611905287361-0.692136743031-16.190164994-15.3139060822
122.550283037620.9141096612723.13994315722.282341213971.776849945845.568984380650.5940764910670.310731139666-0.487946945461-0.356902809982-0.0493131137250.4713984484721.42919285565-0.624582158968-0.5291194386750.800261428794-0.186435432329-0.1961772641190.891923821168-0.02179361992460.809250313419-13.8309263569-12.5856954269-65.2691660734
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 92 )AA1 - 921 - 92
22chain 'A' and (resid 93 through 285 )AA93 - 28593 - 285
33chain 'A' and (resid 286 through 337 )AA286 - 337286 - 329
44chain 'A' and (resid 338 through 500 )AA338 - 500330 - 492
55chain 'B' and (resid 1 through 27 )BE - B1 - 271 - 27
66chain 'B' and (resid 28 through 92 )BE - B28 - 9228 - 92
77chain 'B' and (resid 93 through 285 )BE - B93 - 28593 - 285
88chain 'B' and (resid 286 through 366 )BE - B286 - 366286 - 358
99chain 'B' and (resid 367 through 403 )BE - B367 - 403359 - 395
1010chain 'B' and (resid 404 through 500 )BE - B404 - 500396 - 492
1111chain 'C' and (resid 1 through 337 )CK - C1 - 3371 - 329
1212chain 'C' and (resid 338 through 500 )CK - C338 - 500330 - 489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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