PDB-8x1p: Crystal structure of G160C/S176C mutant of FfIBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x1p

タイトル

Crystal structure of G160C/S176C mutant of FfIBP

要素

Ice-binding protein

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / ice-binding protein / Flavobacterium frigoris PS1 / ice recrystallization / thermal hysteresis

機能・相同性

Ice-binding protein / Ice-binding-like / extracellular region / Ice-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Nam, Y. / Do, H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Engineered ice-binding protein (FfIBP) shows increased stability and resistance to thermal and chemical denaturation compared to the wildtype.
著者: Nam, Y. / Nguyen, D.L. / Hoang, T. / Kim, B. / Lee, J.H. / Do, H.

履歴

登録	2023年11月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x1p.cif.gz	62.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x1p.ent.gz	40.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x1p_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x1p_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	8x1p_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	8x1p_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x0zC 8x1lC 8x1oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ice-binding protein

25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.040, 69.040, 178.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-430- HOH
2	1	A-493- HOH

#1: タンパク質	Ice-binding protein 分子量: 25793.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア) 遺伝子: HJ01_03463 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H7FWB6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.18 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 4.4, 3 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→28.82 Å / Num. obs: 30121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 35.7
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2185 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→28.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 3.589 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2647	1482	4.92 %
R_work	0.2434	28638	-
all	0.244	-	-
obs	-	30120	99.927 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.563 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.008 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.008 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.016 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1556	0	0	205	1761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.796	1.631	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.378	1.567	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.508	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.43	24.727	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.811	15	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.893	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.119	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.891	2.685	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.885	2.682	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.721	3.999	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.722	4.003	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.178	2.918	715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.138	2.909	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.63	4.265	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.629	4.265	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.113	34.097	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.032	33.676	1718

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.277	117	0.274	2067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.108	0.285	87	0.26	2031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.339	90	0.289	2001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.344	92	0.281	1904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.346	103	0.269	1842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.315	94	0.255	1796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.284	97	0.257	1738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.581	0.299	79	0.242	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.581-2.696	0.289	85	0.26	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.827	0.309	87	0.255	1542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-2.98	0.329	81	0.266	1481	X-RAY DIFFRACTION	99.936
2.98-3.16	0.278	71	0.258	1410	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.378	0.251	75	0.245	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.378-3.648	0.242	72	0.212	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
3.648-3.995	0.21	53	0.205	1140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.995-4.465	0.167	54	0.216	1058	X-RAY DIFFRACTION	100
4.465-5.152	0.212	50	0.196	939	X-RAY DIFFRACTION	100
5.152-6.301	0.328	43	0.238	814	X-RAY DIFFRACTION	100
6.301-8.874	0.191	28	0.253	657	X-RAY DIFFRACTION	100
8.874-28.82	0.257	24	0.29	385	X-RAY DIFFRACTION	95.1163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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