PDB-8x0z: Crystal structure of A101C/A120C mutant of FfIBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x0z

タイトル

Crystal structure of A101C/A120C mutant of FfIBP

要素

Ice-binding protein

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / ice-binding protein / Flavobacterium frigoris PS1 / ice recrystallization / thermal hysteresis

機能・相同性

Ice-binding protein / Ice-binding-like / extracellular region / Ice-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nam, Y. / Do, H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Engineered ice-binding protein (FfIBP) shows increased stability and resistance to thermal and chemical denaturation compared to the wildtype.
著者: Nam, Y. / Nguyen, D.L. / Hoang, T. / Kim, B. / Lee, J.H. / Do, H.

履歴

登録	2023年11月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x0z.cif.gz	60.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x0z.ent.gz	39.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x0z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/8x0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/8x0z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x1lC 8x1oC 8x1pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ice-binding protein

25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.230, 69.230, 178.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-384- HOH
2	1	A-388- HOH

#1: タンパク質	Ice-binding protein 分子量: 25795.051 Da / 分子数: 1 / 変異: A101C, A120C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A101C/A120C double mutant of FfIBP 由来: (組換発現) Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア) 遺伝子: HJ01_03463 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H7FWB6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.4, 3 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→29.25 Å / Num. obs: 26223 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 39.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 2099 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→29.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 4.493 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2811	1328	5.066 %
R_work	0.2538	24888	-
all	0.255	-	-
obs	-	26216	99.905 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.894 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.609 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.609 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.219 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1556	0	0	159	1715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.631	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.346	1.567	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.279	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.755	24.727	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.627	15	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.156	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.542	3.73	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.516	3.727	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.509	5.563	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.513	5.566	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.805	3.981	716
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.789	3.974	714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.378	5.848	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.379	5.847	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.638	46.053	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.588	45.713	1683

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.338	103	0.269	1781	X-RAY DIFFRACTION	99.7881
2.155-2.214	0.329	88	0.274	1747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.278	0.332	87	0.277	1729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.278-2.348	0.392	89	0.259	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.348-2.425	0.261	81	0.244	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.51	0.272	79	0.256	1574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.604	0.318	83	0.278	1491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.604-2.71	0.353	63	0.268	1482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.831	0.301	71	0.259	1408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-2.969	0.427	73	0.288	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.129	0.29	74	0.275	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.129-3.318	0.261	76	0.273	1209	X-RAY DIFFRACTION	99.9222
3.318-3.547	0.275	67	0.237	1140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.547-3.83	0.215	61	0.228	1084	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.194	0.238	56	0.224	991	X-RAY DIFFRACTION	100
4.194-4.687	0.258	41	0.219	931	X-RAY DIFFRACTION	99.8972
4.687-5.408	0.229	63	0.239	798	X-RAY DIFFRACTION	100
5.408-6.614	0.245	37	0.248	707	X-RAY DIFFRACTION	100
6.614-9.311	0.304	18	0.267	578	X-RAY DIFFRACTION	100
9.311-29.25	0.38	18	0.32	344	X-RAY DIFFRACTION	95.2632

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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