PDB-8x1l: Crystal structure of S96C/L132C mutant of FfIBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x1l

タイトル

Crystal structure of S96C/L132C mutant of FfIBP

要素

Ice-binding protein

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / ice-binding protein / Flavobacterium frigoris PS1 / ice recrystallization / thermal hysteresis

機能・相同性

Ice-binding protein / Ice-binding-like / extracellular region / Ice-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Nam, Y. / Do, H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Engineered ice-binding protein (FfIBP) shows increased stability and resistance to thermal and chemical denaturation compared to the wildtype.
著者: Nam, Y. / Nguyen, D.L. / Hoang, T. / Kim, B. / Lee, J.H. / Do, H.

履歴

登録	2023年11月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x1l.cif.gz	59.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x1l.ent.gz	38.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x0zC 8x1oC 8x1pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ice-binding protein

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.060, 69.060, 178.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-400- HOH

#1: タンパク質	Ice-binding protein 分子量: 25736.971 Da / 分子数: 1 / 変異: S96C, L132C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア) 遺伝子: HJ01_03463 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H7FWB6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.23 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 4.4, 3 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→29.877 Å / Num. obs: 30097 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 31.9
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2183 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→29.877 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.016 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	1484	4.931 %
R_work	0.2265	28613	-
all	0.228	-	-
obs	-	30097	99.924 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.659 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.877 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1552	0	0	103	1655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.813	1.632	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.353	1.567	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.293	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.772	24.727	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.239	15	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.883	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.062	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.01	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.273	4.148	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.264	4.145	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.149	6.184	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.15	6.186	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.472	4.44	710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.381	4.429	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.4	6.504	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.389	6.501	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.326	50.888	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.347	50.863	1676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.334	119	0.327	2064	X-RAY DIFFRACTION	99.9542
2.052-2.108	0.342	86	0.302	2016	X-RAY DIFFRACTION	99.9049
2.108-2.169	0.35	91	0.316	1999	X-RAY DIFFRACTION	99.9522
2.169-2.236	0.373	91	0.327	1916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.362	104	0.312	1836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.334	93	0.287	1804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.303	97	0.269	1729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.581	0.348	80	0.277	1675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.581-2.696	0.317	84	0.271	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.827	0.288	87	0.265	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-2.98	0.314	81	0.261	1486	X-RAY DIFFRACTION	99.9362
2.98-3.16	0.258	71	0.252	1408	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.378	0.295	75	0.246	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.378-3.648	0.272	72	0.218	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
3.648-3.995	0.206	53	0.178	1140	X-RAY DIFFRACTION	99.9163
3.995-4.465	0.133	54	0.167	1062	X-RAY DIFFRACTION	100
4.465-5.152	0.179	50	0.148	934	X-RAY DIFFRACTION	100
5.152-6.301	0.225	43	0.182	813	X-RAY DIFFRACTION	100
6.301-8.874	0.144	28	0.185	657	X-RAY DIFFRACTION	100
8.874-29.877	0.247	25	0.224	388	X-RAY DIFFRACTION	96.0465

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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