PDB-8x1o: Crystal structure of M249C/N270C mutant of FfIBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x1o

タイトル

Crystal structure of M249C/N270C mutant of FfIBP

要素

Ice-binding protein

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / ice-binding protein / Flavobacterium frigoris PS1 / ice recrystallization / thermal hysteresis

機能・相同性

Ice-binding protein / Ice-binding-like / extracellular region / Ice-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nam, Y. / Do, H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Engineered ice-binding protein (FfIBP) shows increased stability and resistance to thermal and chemical denaturation compared to the wildtype.
著者: Nam, Y. / Nguyen, D.L. / Hoang, T. / Kim, B. / Lee, J.H. / Do, H.

履歴

登録	2023年11月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x1o.cif.gz	60.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x1o.ent.gz	39.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8x1o_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8x1o_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	8x1o_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	8x1o_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/8x1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x0zC 8x1lC 8x1pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ice-binding protein

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.140, 69.140, 178.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-333- HOH
2	1	A-442- HOH

#1: タンパク質	Ice-binding protein 分子量: 25691.908 Da / 分子数: 1 / 変異: M249C, N270C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア) 遺伝子: HJ01_03463 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H7FWB6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 4.4, 3 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→29.229 Å / Num. obs: 26115 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 2102 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→29.229 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 4.455 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2819	1324	5.07 %
R_work	0.2465	24790	-
all	0.248	-	-
obs	-	26114	99.923 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.256 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.035 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.035 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.229 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1550	0	0	142	1692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.834	1.631	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.354	1.567	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.645	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.034	24.63	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.55	15	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.597	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.749	3.763	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.743	3.761	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.466	5.611	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.469	5.614	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.902	4.037	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.857	4.035	706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.436	5.917	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.438	5.918	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.316	46.423	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.271	46.233	1706

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.354	100	0.279	1765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.155-2.214	0.332	89	0.278	1753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.278	0.314	90	0.28	1705	X-RAY DIFFRACTION	99.9443
2.278-2.348	0.365	86	0.249	1642	X-RAY DIFFRACTION	99.9422
2.348-2.425	0.287	83	0.247	1611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.51	0.291	81	0.243	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.604	0.293	82	0.284	1484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.604-2.71	0.342	61	0.29	1487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.831	0.361	68	0.279	1385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-2.969	0.476	75	0.291	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.129	0.271	72	0.278	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.129-3.318	0.274	77	0.263	1200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.318-3.547	0.297	66	0.229	1128	X-RAY DIFFRACTION	100
3.547-3.83	0.208	63	0.227	1088	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.195	0.273	55	0.214	983	X-RAY DIFFRACTION	100
4.195-4.687	0.211	41	0.191	930	X-RAY DIFFRACTION	100
4.687-5.408	0.218	62	0.22	791	X-RAY DIFFRACTION	100
5.408-6.614	0.219	37	0.232	705	X-RAY DIFFRACTION	100
6.614-9.311	0.325	18	0.247	577	X-RAY DIFFRACTION	100
9.311-29.229	0.349	18	0.284	344	X-RAY DIFFRACTION	95.2632

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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