PDB-8wz7: The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocyste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wz7

タイトル

The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocysteinase Lpg2021(I255A,T287A) in ternary complex with NAD and adenosine

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Legionella pneumophila / SAH hydrolase

機能・相同性

ADENOSINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.922 Å

データ登録者

Gao, Y.S. / Xie, R. / Chen, Y.N. / Ma, J.M. / Ge, H.H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for substrate recognition by a S-adenosylhomocysteine hydrolase Lpg2021 from Legionella pneumophila.
著者: Gao, Y. / Xie, R. / Chen, Y. / Yang, B. / Wang, M. / Hua, L. / Wang, X. / Wang, W. / Wang, N. / Ge, H. / Ma, J.

履歴

登録	2023年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wz7.cif.gz	109.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wz7.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/8wz7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wwgC 8wz6C 8wz8C 8wz9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.657, 130.657, 113.834
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/3 #3: y,-x+y,z+2/3 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+2/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-754- HOH
2	1	A-882- HOH

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase 分子量: 48299.973 Da / 分子数: 1 / 変異: I255A,T287A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: ahcY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F4T2, adenosylhomocysteinase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 44078 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 38.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.04 Å² / CC_1/2: 0.944 / Net I/σ(I): 3.9
反射シェル	解像度: 1.922→1.991 Å / Num. unique obs: 43894 / CC_1/2: 0.856

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000	7.21	データ削減
PHASER	2.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Q5ZTY7

解像度: 1.922→37.945 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.194 / Average fsc free: 0.9634 / Average fsc work: 0.9704 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2252	2145	4.884 %
R_work	0.2055	41774	-
all	0.206	-	-
obs	-	43919	99.685 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.875 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.922→37.945 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3301	0	63	309	3673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.652	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.681	1.58	7489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.483	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.343	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.268	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.248	10	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.627	10	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.104	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.088	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.228	2.937	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.228	2.937	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.976	5.243	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.976	5.242	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.481	3.286	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.479	3.287	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.15	5.86	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.149	5.859	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.311	31.015	4059
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.31	31.023	4060

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.922-1.972	0.3	168	0.249	2998	0.252	3177	0.939	0.957	99.6538	0.224
1.972-2.026	0.274	139	0.226	2969	0.228	3108	0.952	0.965	100	0.202
2.026-2.084	0.287	164	0.223	2876	0.226	3040	0.948	0.967	100	0.192
2.084-2.148	0.235	150	0.217	2804	0.218	2954	0.964	0.97	100	0.185
2.148-2.218	0.219	156	0.2	2702	0.201	2858	0.969	0.974	100	0.171
2.218-2.296	0.215	123	0.191	2637	0.192	2760	0.973	0.977	100	0.164
2.296-2.382	0.208	105	0.19	2582	0.19	2687	0.971	0.976	100	0.165
2.382-2.479	0.208	112	0.183	2470	0.184	2583	0.972	0.979	99.9613	0.161
2.479-2.589	0.199	112	0.181	2379	0.182	2491	0.976	0.98	100	0.162
2.589-2.715	0.201	121	0.181	2251	0.182	2372	0.972	0.979	100	0.163
2.715-2.861	0.208	112	0.175	2154	0.176	2266	0.974	0.98	100	0.16
2.861-3.033	0.201	107	0.183	2049	0.184	2158	0.975	0.979	99.9073	0.171
3.033-3.241	0.204	92	0.197	1938	0.197	2030	0.971	0.974	100	0.185
3.241-3.499	0.215	112	0.187	1784	0.188	1896	0.963	0.978	100	0.182
3.499-3.829	0.164	91	0.184	1677	0.183	1769	0.985	0.978	99.9435	0.185
3.829-4.276	0.17	71	0.179	1529	0.179	1601	0.982	0.977	99.9375	0.186
4.276-4.927	0.199	71	0.198	1370	0.198	1442	0.977	0.967	99.9306	0.205
4.927-6.009	0.321	65	0.264	1167	0.266	1239	0.93	0.95	99.435	0.268
6.009-8.393	0.378	45	0.308	922	0.311	986	0.913	0.91	98.073	0.293
8.393-37.945	0.351	29	0.329	515	0.33	629	0.926	0.904	86.4865	0.312

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関連情報:EMDBヘッダ

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