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- PDB-8wz6: The crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocyste... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wz6
タイトルThe crystal structure of Legionella pneumophila adenosylhomocysteinase Lpg2021 in ternary complex with NAD and DZNep
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / Legionella pneumophila / SAH hydrolase
機能・相同性NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : / :
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Gao, Y.S. / Xie, R. / Chen, Y.N. / Ma, J.M. / Ge, H.H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32370196 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071215 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for substrate recognition by a S-adenosylhomocysteine hydrolase Lpg2021 from Legionella pneumophila.
著者: Gao, Y. / Xie, R. / Chen, Y. / Yang, B. / Wang, M. / Hua, L. / Wang, X. / Wang, W. / Wang, N. / Ge, H. / Ma, J.
履歴
登録2023年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2983
ポリマ－48,3721
非ポリマー9262
水1,54986
1
A: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子

A: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5966
ポリマ－96,7442
非ポリマー1,8514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area30260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.547, 130.547, 115.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Adenosylhomocysteinase


分子量: 48372.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: ahcY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F4T2
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-XI6 / DZNep / (1~{S},2~{R},5~{R})-5-(4-azanylimidazo[4,5-c]pyridin-1-yl)-3-(hydroxymethyl)cyclopent-3-ene-1,2-diol / 3-Deazaneplanocin


分子量: 262.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月14日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 31464 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 39.2 % / Biso Wilson estimate: 52.27 Å2 / CC1/2: 0.936 / Net I/σ(I): 47.5
反射 シェル解像度: 2.16→2.24 Å / Num. unique obs: 31317 / CC1/2: 0.703

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-30007.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-30007.21データ削減
PHASER2.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Q5ZTY7

解像度: 2.16→42.73 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1508 5.08 %
Rwork0.2003 --
obs0.2028 29682 94.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→42.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3299 0 63 86 3448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.125475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.230.32911130.26762228X-RAY DIFFRACTION83
2.23-2.310.30171210.23452337X-RAY DIFFRACTION88
2.31-2.410.27061180.21772410X-RAY DIFFRACTION89
2.41-2.510.27551440.19782477X-RAY DIFFRACTION93
2.52-2.650.26171320.20242545X-RAY DIFFRACTION94
2.65-2.810.26871400.21052568X-RAY DIFFRACTION96
2.81-3.030.2461420.19382647X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.340.25341460.21212670X-RAY DIFFRACTION99
3.34-3.820.21741540.17622700X-RAY DIFFRACTION99
3.82-4.810.18781380.16592777X-RAY DIFFRACTION99
4.81-42.730.28981600.23052815X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2362-0.21330.12480.25840.02090.27120.12660.00030.1334-0.02490.03310.0687-0.61690.021900.7178-0.0099-0.01030.53590.09050.568927.7639-26.3974-0.5971
20.10770.12270.02220.0633-0.0010.1271-0.18820.26450.31380.04580.22720.4079-0.6235-0.40440.00020.72780.1221-0.06480.6870.08550.737915.9611-27.8245-6.5491
30.2904-0.01970.36340.34680.06720.2910.00040.1951-0.0468-0.0765-0.05720.0576-0.2852-0.01440.00010.46530.0015-0.060.6310.04140.551722.3141-42.8435-5.6158
40.37430.0484-0.15170.0950.09460.08920.0469-0.0210.01-0.02220.1019-0.0213-0.04320.118500.3573-0.0698-0.00410.5494-0.00750.483721.4444-56.511711.965
50.17220.15040.01410.36670.390.6004-0.03150.11420.08160.04-0.0355-0.04220.169-0.5262-00.3447-0.0715-0.00780.74730.00240.51549.269-54.468910.8424
60.04630.0620.08550.08240.08430.164-0.06510.14490.16720.0771-0.06530.063-0.2622-0.920500.48380.0732-0.01470.9548-0.03440.69070.9075-43.582513.0057
70.4334-0.21850.43370.60720.01270.4321-0.01810.24590.3741-0.05430.0461-0.0956-0.3446-0.2705-00.4937-0.00760.00050.57580.03680.633624.3949-38.1729-0.1527
80.5052-0.1915-0.27070.568-0.12510.28060.10720.18150.0509-0.1161-0.1231-0.0926-0.11510.100.4514-0.0770.0330.69190.02380.475843.5697-48.5577-6.24
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 95 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 96 through 153 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 154 through 218 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 219 through 266 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 267 through 313 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 314 through 343 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 344 through 387 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 388 through 441 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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