PDB-8wwb: The sigma-1 receptor from Xenopus laevis in complex with dehydroe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wwb

タイトル

The sigma-1 receptor from Xenopus laevis in complex with dehydroepiandrosterone sulfate by soaking (I432 form)

要素

Sigma non-opioid intracellular receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / sigma receptor / S1R / endogenous ligand / neurosteroid / DHEAS

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear outer membrane / nuclear inner membrane / lipid transport / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.503 Å

データ登録者

Fu, C. / Sun, Z. / Zhou, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Insight into binding of endogenous neurosteroid ligands to the sigma-1 receptor.
著者: Fu, C. / Xiao, Y. / Zhou, X. / Sun, Z.

履歴

登録	2023年10月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wwb.cif.gz	104.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wwb.ent.gz	80.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/8wwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/8wwb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w4bC 8w4cC 8w4dC 8w4eC 8wueC 8ybbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
78.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.706, 160.706, 160.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

#1: タンパク質	Sigma non-opioid intracellular receptor 1 分子量: 25720.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: sigmar1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6DCU6
#2: 化合物	ChemComp-ZWY / 17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate / Dehydroepiandrosterone sulfate / DHEA sulfate / DHEA-S / デヒドロエピアンドロステロンスルファ-ト分子量: 368.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₈O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.41 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.32M LiCl, 0.1M Na+-citrate pH 5.5, 12% PEG 4000, 10% glycerol, 15mM Na+-cholate, 1mM DHEAS soaking

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→42.95 Å / Num. obs: 12557 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 122155
反射シェル	解像度: 2.5→2.545 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 1.506 / Num. measured all: 6384 / Num. unique obs: 620 / R_pim(I) all: 0.487 / R_rim(I) all: 1.584 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
XDS	BUILT 20230630	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.503→37.879 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2539	651	5.19 %
R_work	0.2176	-	-
obs	0.2194	12542	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.503→37.879 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1769	0	25	20	1814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1841
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.487	2508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.604	1039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	303

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5031-2.6963	0.3331	119	0.2725	2351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6963-2.9676	0.2916	122	0.2608	2338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9676-3.3967	0.2544	137	0.2524	2335	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3967-4.2786	0.2519	136	0.206	2369	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2786-37.879	0.236	137	0.1975	2498	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1044	-5.8754	-5.587	5.5725	5.355	5.0821	-0.7299	-0.0244	-0.7458	0.9084	-0.0593	1.0491	0.5803	-0.1881	0.5752	0.7965	-0.0933	0.0548	0.6215	0.0544	0.5667	-23.4556	-35.8693	51.8534
2	3.5994	-1.214	-0.4623	3.6175	-3.158	7.8008	0.012	-0.0662	-0.2877	0.4985	0.2971	0.0701	-0.3862	0.5929	-0.1733	0.5419	-0.0038	0.0013	0.6848	-0.1226	0.7535	-6.3164	-47.2856	19.5288
3	4.1456	-2.7911	-0.8624	4.871	-0.184	1.8593	0.1059	0.2385	-0.4942	-0.2622	-0.0746	0.1998	0.2459	0.0387	-0.0117	0.5217	-0.0349	-0.0623	0.5034	-0.0724	0.5226	-17.5189	-46.2951	13.2908
4	1.8634	-0.528	0.2044	1.2676	0.507	1.4125	-0.0133	-0.1269	-0.3538	0.1274	0.061	-0.0567	0.2317	0.1146	-0.054	0.4606	-0.0052	-0.0089	0.3763	0.0337	0.4296	-17.4435	-40.7291	24.1732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -5 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 219 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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