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Yorodumi- PDB-8ybb: Crystal structure of the sigma-1 receptor from Xenopus laevis wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ybb | ||||||
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Title | Crystal structure of the sigma-1 receptor from Xenopus laevis with side opening | ||||||
Components | Sigma non-opioid intracellular receptor 1 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / sigma receptor / S1R / endogenous ligand / neurosteroid / P4 | ||||||
Function / homology | Function and homology information ergosterol biosynthetic process / nuclear outer membrane / lipid transport / nuclear inner membrane / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xenopus laevis (African clawed frog) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.12 Å | ||||||
Authors | Xiao, Y. / Fu, C. / Sun, Z. / Zhou, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2024 Title: Insight into binding of endogenous neurosteroid ligands to the sigma-1 receptor. Authors: Fu, C. / Xiao, Y. / Zhou, X. / Sun, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ybb.cif.gz | 534.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ybb.ent.gz | 449.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ybb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ybb_validation.pdf.gz | 472.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ybb_full_validation.pdf.gz | 482.1 KB | Display | |
Data in XML | 8ybb_validation.xml.gz | 44.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8ybb_validation.cif.gz | 58.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/8ybb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/8ybb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8w4bC 8w4cC 8w4dC 8w4eC 8wueC 8wwbC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25720.322 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Gene: sigmar1 / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: Q6DCU6 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.32M LiCl, 0.1M Na+-citrate pH 5.5, 12% PEG 4000, 10% glycerol, 15mM Na+-cholate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97861 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 20, 2024 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97861 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.808→46.476 Å / Num. obs: 32257 / % possible obs: 75.6 % / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 179405 |
Reflection shell | Resolution: 2.808→3.048 Å / % possible obs: 17.4 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.262 / Num. measured all: 8064 / Num. unique obs: 1613 / Rpim(I) all: 0.628 / Rrim(I) all: 1.413 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.12→44.815 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.12→44.815 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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