PDB-8w4c: The sigma-1 receptor from Xenopus laevis in complex with progeste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w4c

タイトル

The sigma-1 receptor from Xenopus laevis in complex with progesterone by soaking

要素

Sigma non-opioid intracellular receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / sigma receptor / S1R / endogenous ligand / neurosteroid / P4

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear outer membrane / nuclear inner membrane / lipid transport / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.676 Å

データ登録者

Xiao, Y. / Fu, C. / Sun, Z. / Zhou, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Insight into binding of endogenous neurosteroid ligands to the sigma-1 receptor.
著者: Fu, C. / Xiao, Y. / Zhou, X. / Sun, Z.

履歴

登録	2023年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w4c.cif.gz	104 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w4c.ent.gz	79.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w4bC 8w4dC 8w4eC 8wueC 8wwbC 8ybbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.226, 161.226, 161.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	211
Space group name H-M	I432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-423- HOH

#1: タンパク質	Sigma non-opioid intracellular receptor 1 分子量: 25720.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: sigmar1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6DCU6
#2: 化合物	ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン分子量: 314.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.77 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.32M LiCl, 0.1M Na+-citrate pH 5.5, 12% PEG 4000, 10% glycerol, 15mM Na+-cholate, 1mM progesterone soaking

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→38.001 Å / Num. obs: 11200 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 74720
反射シェル	解像度: 2.6→2.65 Å / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.583 / Num. measured all: 3757 / Num. unique obs: 549 / R_pim(I) all: 0.646 / R_rim(I) all: 1.713 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
XDS	BUILT 20220820	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.676→38.001 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	523	5.03 %
R_work	0.2172	-	-
obs	0.2184	10395	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.676→38.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1769	0	23	26	1818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	2504
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.873	1039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.676-2.9452	0.3162	127	0.2771	2414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9452-3.3711	0.2941	126	0.2502	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3711-4.2464	0.208	131	0.214	2468	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2464-38.001	0.2246	139	0.1944	2559	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3102	-0.0545	0.2311	0.0144	-0.0226	0.1746	-0.3043	0.0063	-0.2601	0.6407	0.1786	0.2195	0.4567	-0.026	-0.0001	0.8174	-0.0969	0.1876	0.45	0.0328	0.5076	-23.6732	-36.0085	51.9243
2	0.7178	-0.3897	0.1597	0.4191	-0.4008	1.1904	-0.1474	-0.0005	-0.1348	0.0877	0.059	-0.0432	0.0113	0.173	0.0001	0.407	-0.0177	0.0029	0.4285	-0.0174	0.4561	-12.5995	-47.4987	14.9646
3	0.3744	-0.5376	-0.4281	0.7698	0.5169	0.6217	-0.0044	-0.1247	-0.0383	0.1098	0.0873	-0.0705	-0.0662	0.1754	0	0.4073	-0.0169	0.0282	0.3775	0.058	0.3634	-16.0414	-37.3292	24.8387
4	0.2482	0.056	0.36	0.0868	0.1084	0.5296	-0.3665	0.0319	-0.0271	0.4143	0.079	0.2487	0.1027	-0.2808	-0.1111	0.486	-0.0611	0.1097	0.2948	0.081	0.4619	-25.0205	-55.5653	20.1529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -5 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 193 through 219 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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