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- PDB-8wr2: Crystal Structure of Human Pyridoxal Kinase with bound Luteolin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wr2
タイトルCrystal Structure of Human Pyridoxal Kinase with bound Luteolin
要素Pyridoxal kinase
キーワードPROTEIN BINDING / inhibitor / Luteolin / PDXK / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / sodium ion binding / potassium ion binding / specific granule lumen ...pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / sodium ion binding / potassium ion binding / specific granule lumen / pyridoxal phosphate binding / secretory granule lumen / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxine kinase / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / Chem-LU2 / Pyridoxal kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Fan, J. / Zhu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery and characterization of natural product luteolin as an effective inhibitor of human pyridoxal kinase.
著者: Zhu, Y. / Bao, G. / Zhu, G. / Zhang, K. / Zhu, S. / Hu, J. / He, J. / Jiang, W. / Fan, J. / Dang, Y.
履歴
登録2023年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pyridoxal kinase
A: Pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,61118
ポリマ－70,2872
非ポリマー2,32516
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.540, 116.110, 169.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-717-

HOH

21B-733-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 BA

#1: タンパク質 Pyridoxal kinase


分子量: 35143.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDXK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00764
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 255分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-LU2 / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one / Luteolin


分子量: 286.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 66% v/v MPD, and 3% w/v D-(+)-Thehalose dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→47.86 Å / Num. obs: 68964 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.45
反射 シェル解像度: 1.94→2.009 Å / Rmerge(I) obs: 0.01265 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 68956 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.01265 / Rrim(I) all: 0.01789

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
xia2データ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YXT

2yxt


解像度: 1.94→47.48 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 3436 4.98 %
Rwork0.1837 --
obs0.185 68958 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4860 0 154 241 5255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9626922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.91695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009880
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.970.34681110.30152617X-RAY DIFFRACTION100
1.97-1.990.27411280.262580X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.020.27611330.24332589X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.060.28381150.24412650X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.090.24851240.23382583X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.130.25751470.23272583X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.160.25961370.22662592X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.210.23971570.22062590X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.250.25861420.20752583X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.30.24171640.20932588X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.350.2411410.20712602X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.410.25031510.21432582X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.480.26811570.20422560X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.550.24641290.2112639X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.630.23961470.20822612X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.730.27951370.20582610X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.840.22321310.21342608X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.970.24051390.21512645X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.120.22441210.20012648X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.320.22561340.18532635X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.570.23181280.17772632X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.930.17611600.15962633X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.50.16381230.14632686X-RAY DIFFRACTION100
4.5-5.670.16561340.15612686X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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