PDB-8wq7: Crystal structure of d(CGTATACG)2 with a four-carbon linker conta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wq7

タイトル

Crystal structure of d(CGTATACG)2 with a four-carbon linker containing diacridine compound

要素

DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / Drug-DNA complex / bis-intercalator / acridine

機能・相同性

: / : / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Huang, S.C. / Satange, R.B. / Hou, M.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Targeting DNA junction sites by bis-intercalators induces topological changes with potent antitumor effects.
著者: Huang, S.C. / Chen, C.W. / Satange, R. / Hsieh, C.C. / Chang, C.C. / Wang, S.C. / Peng, C.L. / Chen, T.L. / Chiang, M.H. / Horng, Y.C. / Hou, M.H.

履歴

登録	2023年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wq7.cif.gz	32 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wq7.ent.gz	20.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wq7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wq7_validation.pdf.gz	683.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wq7_full_validation.pdf.gz	684.5 KB	表示
XML形式データ	8wq7_validation.xml.gz	3.6 KB	表示
CIF形式データ	8wq7_validation.cif.gz	4.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/8wq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/8wq7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w76C 8w7wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

5.41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.462, 34.490, 69.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(PCPGPTPAPTPAPCPG)-3') 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-XA5 / N,N'-di(acridin-9-yl)butane-1,4-diamine 分子量: 442.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₆N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.5mM oligonucleotides, 1mM compound, 200mM KCl, 6mM MnCl, 50mM MES (pH 6.3), 10% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.58→30 Å / Num. obs: 5894 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 34.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.58-1.64	7	0.102	590	0.995	0.999	0.042	0.111	1.031	100
1.64-1.7	7	0.073	582	0.997	0.999	0.03	0.079	1.005	100
1.7-1.78	7	0.061	566	0.997	0.999	0.025	0.066	1.036	100
1.78-1.87	7	0.051	609	0.999	1	0.021	0.055	1.086	100
1.87-1.99	6.7	0.051	547	0.998	0.999	0.021	0.055	1.062	100
1.99-2.14	6.5	0.047	602	0.998	0.999	0.02	0.051	1.015	100
2.14-2.36	6.8	0.042	572	0.999	1	0.017	0.045	1.003	100
2.36-2.7	6.7	0.039	605	0.999	1	0.017	0.043	1.042	100
2.7-3.4	6.5	0.035	598	0.999	1	0.015	0.038	1.003	99.7
3.4-30	6.3	0.025	623	0.999	1	0.011	0.027	1.054	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→24.38 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2457	585	9.97 %
R_work	0.2185	-	-
obs	0.2214	5870	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→24.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	328	36	42	406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.209	612
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	34.515	156
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	64
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	18

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.74	0.2924	144	0.2256	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.99	0.2778	141	0.222	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.51	0.2577	150	0.2697	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-24.38	0.2215	150	0.1952	1355	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2174	5.9741	-0.3932	6.9355	-1.4303	2.4203	-0.2034	-0.1728	0.1107	-0.3348	-0.0618	-0.1704	-0.0013	0.1111	0.2625	0.0867	0.0226	-0.003	0.1102	-0.0045	0.1114	-1.6995	-15.273	-11.0766
2	4.6482	5.3345	-0.6395	6.1012	-0.7934	0.9332	0.0174	-0.3315	-0.173	-0.1666	-0.2058	0.1207	0.0986	0.0715	0.1623	0.1004	0.0166	-0.0139	0.1295	-0.0091	0.1026	-2.0433	-15.517	-6.2483

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 8 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 8 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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