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- PDB-8w7w: Crystal structure of d(CGTATACG)2 with acridine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w7w
タイトルCrystal structure of d(CGTATACG)2 with acridine complex
要素DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Drug-DNA complex / bis-intercalator / acridine
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Huang, S.C. / Satange, R.B. / Hou, M.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2628-M-005-001-MY4 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Targeting DNA junction sites by bis-intercalators induces topological changes with potent antitumor effects.
著者: Huang, S.C. / Chen, C.W. / Satange, R. / Hsieh, C.C. / Chang, C.C. / Wang, S.C. / Peng, C.L. / Chen, T.L. / Chiang, M.H. / Horng, Y.C. / Hou, M.H.
履歴
登録2023年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,58110
ポリマ－9,7064
非ポリマー1,8756
水70339
1
A: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7915
ポリマ－4,8532
非ポリマー9373
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area3940 Å2
手法PISA
2
D: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7915
ポリマ－4,8532
非ポリマー9373
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area3920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.146, 72.095, 24.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-VZX / ~{N},~{N}'-di(acridin-9-yl)pentane-1,5-diamine


分子量: 456.581 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H28N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3mM oligonucleotides, 0.3mM ligand, 25mM bis-tris (pH 7.0), 50mM sodium chloride, 10mM magnesium chloride hexahydrate, 15% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→30 Å / Num. obs: 11068 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.022 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.58-1.643.60.16910320.9690.9920.1040.1991.07891
1.64-1.73.70.10211560.9920.9980.0620.1191.09699.9
1.7-1.783.70.07511380.9950.9990.0450.0881.05899.7
1.78-1.873.70.05811450.9970.9990.0350.0681.07199.5
1.87-1.993.70.05211240.9960.9990.0320.0611.05199.5
1.99-2.143.70.04511160.9970.9990.0270.0531.07298.8
2.14-2.363.70.03411420.9980.9990.0210.041.07598.4
2.36-2.73.60.02611330.99910.0160.0311.07397.6
2.7-3.43.50.02110610.99910.0130.0251.01293.2
3.4-303.40.01510210.99910.010.0181.0786.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→24.12 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 1113 10.08 %
Rwork0.2183 --
obs0.2193 11047 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→24.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 656 72 39 767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009810
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2631226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.979314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.650.32981410.26171242X-RAY DIFFRACTION97
1.65-1.740.26031460.23241285X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.840.27311320.23641281X-RAY DIFFRACTION99
1.84-1.990.27821450.24661232X-RAY DIFFRACTION99
1.99-2.190.30851500.26761274X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.50.24941400.24971243X-RAY DIFFRACTION98
2.5-3.150.2811280.26531234X-RAY DIFFRACTION95
3.15-24.120.15211310.16161143X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77720.2534-1.05941.4676-0.21137.3440.3031-0.28830.0642-0.01690.20430.0234-0.16690.4094-0.48270.2406-0.0146-0.01370.2795-0.01240.21458.43411.34880.2452
20.2842-0.2048-0.37020.8555-0.61446.78170.25580.02630.1518-0.10030.1793-0.22160.2869-0.263-0.33770.22470.0139-0.00820.22830.00620.23378.93586.5795-0.4189
36.4226-0.8513-0.52351.08480.17740.8488-0.46410.3963-0.3062-0.02930.14640.03860.0114-0.20430.2710.1823-0.00810.00430.2227-0.01390.168411.718224.9853.6212
45.7647-0.5508-0.31840.7088-0.02140.1319-0.4484-0.06750.3402-0.20030.2131-0.13410.03280.03120.13040.24890.0015-0.02040.20840.00720.218112.343529.7383.1448
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 8 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 8 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 1 through 8 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 1 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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