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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wor | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human SIDT1 protein with C2 symmetry at neutral pH | ||||||
要素 | SID1 transmembrane family member 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Ceramidase / putative RNA and cholesterol transport protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA transmembrane transporter activity / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, W. / Tang, M. / Wang, J. / Zhang, X. / Wu, S. / Ru, H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural insights into cholesterol transport and hydrolase activity of a putative human RNA transport protein SIDT1. 著者: Wenxia Liu / Mengyuan Tang / Jiening Wang / Fangfang Wang / Gaojie Song / Xiaokang Zhang / Shan Wu / Heng Ru / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wor.cif.gz | 293.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wor.ent.gz | 234.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wor.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wor_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wor_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wor_validation.xml.gz | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wor_validation.cif.gz | 88.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/8wor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/8wor | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 99695.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIDT1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NXL6 |
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-糖 , 2種, 8分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 6種, 27分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CLR / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of SIDT1 in complex with unknown lipids タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52.52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 503286 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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