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- EMDB-37695: Cryo-EM structure of human SIDT1 protein with C1 symmetry at neut... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37695
タイトルCryo-EM structure of human SIDT1 protein with C1 symmetry at neutral pH
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of SIDT1 in complex with unknown lipids
    • タンパク質・ペプチド: SID1 transmembrane family member 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: OLEIC ACID
  • リガンド: OCTANOIC ACID (2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-HEPTADEC-3-ENYL)-AMIDE
  • リガンド: water
キーワードCeramidase / putative RNA and cholesterol transport protein / HYDROLASE
機能・相同性RNA transmembrane transporter activity / SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1 / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane / SID1 transmembrane family member 1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Liu W / Tang M / Wang J / Zhang X / Wu S / Ru H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371344 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural insights into cholesterol transport and hydrolase activity of a putative human RNA transport protein SIDT1.
著者: Wenxia Liu / Mengyuan Tang / Jiening Wang / Fangfang Wang / Gaojie Song / Xiaokang Zhang / Shan Wu / Heng Ru /
履歴
登録2023年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37695.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37695.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.36 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.36 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.851 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.22905585 - 0.5579871
平均 (標準偏差)0.0001982783 (±0.012662065)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37695_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37695_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of SIDT1 in complex with unknown lipids

全体名称: Ternary complex of SIDT1 in complex with unknown lipids
要素
  • 複合体: Ternary complex of SIDT1 in complex with unknown lipids
    • タンパク質・ペプチド: SID1 transmembrane family member 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: OLEIC ACID
  • リガンド: OCTANOIC ACID (2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-HEPTADEC-3-ENYL)-AMIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Ternary complex of SIDT1 in complex with unknown lipids

超分子名称: Ternary complex of SIDT1 in complex with unknown lipids
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: SID1 transmembrane family member 1

分子名称: SID1 transmembrane family member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 99.695211 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH ...文字列:
MRGCLRLALL CALPWLLLAA SPGHPAKSPR QPPAPRRDPF DAARGADFDH VYSGVVNLST ENIYSFNYTS QPDQVTAVRV YVNSSSENL NYPVLVVVRQ QKEVLSWQVP LLFQGLYQRS YNYQEVSRTL CPSEATNETG PLQQLIFVDV ASMAPLGAQY K LLVTKLKH FQLRTNVAFH FTASPSQPQY FLYKFPKDVD SVIIKVVSEM AYPCSVVSVQ NIMCPVYDLD HNVEFNGVYQ SM TKKAAIT LQKKDFPGEQ FFVVFVIKPE DYACGGSFFI QEKENQTWNL QRKKNLEVTI VPSIKESVYV KSSLFSVFIF LSF YLGCLL VGFVHYLRFQ RKSIDGSFGS NDGSGNMVAS HPIAASTPEG SNYGTIDESS SSPGRQMSSS DGGPPGQSDT DSSV EESDF DTMPDIESDK NIIRTKMFLY LSDLSRKDRR IVSKKYKIYF WNIITIAVFY ALPVIQLVIT YQTVVNVTGN QDICY YNFL CAHPLGVLSA FNNILSNLGH VLLGFLFLLI VLRRDILHRR ALEAKDIFAV EYGIPKHFGL FYAMGIALMM EGVLSA CYH VCPNYSNFQF DTSFMYMIAG LCMLKLYQTR HPDINASAYS AYASFAVVIM VTVLGVVFGK NDVWFWVIFS AIHVLAS LA LSTQIYYMGR FKIDVSDTDL GIFRRAAMVF YTDCIQQCSR PLYMDRMVLL VVGNLVNWSF ALFGLIYRPR DFASYMLG I FICNLLLYLA FYIIMKLRSS EKVLPVPLFC IVATAVMWAA ALYFFFQNLS SWEGTPAESR EKNRECILLD FFDDHDIWH FLSATALFFS FLVLLTLDDD LDVVRRDQIP VFSRENLYFQ GSGWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSDYKDDDD K

UniProtKB: SID1 transmembrane family member 1

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 15 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #7: OLEIC ACID

分子名称: OLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: OLA
分子量理論値: 282.461 Da
Chemical component information

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸

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分子 #8: OCTANOIC ACID (2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-HEPTADEC-3-ENYL)-AMIDE

分子名称: OCTANOIC ACID (2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-HEPTADEC-3-ENYL)-AMIDE
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: SPL
分子量理論値: 425.688 Da
Chemical component information

ChemComp-SPL:
OCTANOIC ACID (2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-HEPTADEC-3-ENYL)-AMIDE

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分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.52 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 503286
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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