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- PDB-8wmc: Cryo-EM structure of DiCas7-11-crRNA in complex with regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wmc
タイトルCryo-EM structure of DiCas7-11-crRNA in complex with regulator
要素
  • CHAT domain-containing protein
  • CRISPR-associated RAMP family protein
  • RNA (38-MER)
キーワードIMMUNE SYSTEM / CRISPR-Cas / Gene editing / TPR-CHAT
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus
類似検索 - 分子機能
CHAT domain / CHAT domain / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated RAMP family protein / CHAT domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ma, H.Y. / Tang, X.D.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)81971974 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)32222040 中国
引用ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2024
タイトル: Structural basis of negative regulation of CRISPR-Cas7-11 by TPR-CHAT.
著者: Tian Hong / Qinghua Luo / Haiyun Ma / Xin Wang / Xinqiong Li / Chongrong Shen / Jie Pang / Yan Wang / Yuejia Chen / Changbin Zhang / Zhaoming Su / Haohao Dong / Xiaodi Tang /
要旨: CRISPR‒Cas7-11 is a Type III-E CRISPR-associated nuclease that functions as a potent RNA editing tool. Tetratrico-peptide repeat fused with Cas/HEF1-associated signal transducer (TPR-CHAT) acts as ...CRISPR‒Cas7-11 is a Type III-E CRISPR-associated nuclease that functions as a potent RNA editing tool. Tetratrico-peptide repeat fused with Cas/HEF1-associated signal transducer (TPR-CHAT) acts as a regulatory protein that interacts with CRISPR RNA (crRNA)-bound Cas7-11 to form a CRISPR-guided caspase complex (Craspase). However, the precise modulation of Cas7-11's nuclease activity by TPR-CHAT to enhance its utility requires further study. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Desulfonema ishimotonii (Di) Cas7-11-crRNA, complexed with or without the full length or the N-terminus of TPR-CHAT. These structures unveil the molecular features of the Craspase complex. Structural analysis, combined with in vitro nuclease assay and electrophoretic mobility shift assay, reveals that DiTPR-CHAT negatively regulates the activity of DiCas7-11 by preventing target RNA from binding through the N-terminal 65 amino acids of DiTPR-CHAT (DiTPR-CHAT). Our work demonstrates that DiTPR-CHAT can function as a small unit of DiCas7-11 regulator, potentially enabling safe applications to prevent overcutting and off-target effects of the CRISPR‒Cas7-11 system.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年5月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CHAT domain-containing protein
A: CRISPR-associated RAMP family protein
R: RNA (38-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,6417
ポリマ－284,3793
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 CHAT domain-containing protein


分子量: 88311.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
遺伝子: DENIS_1081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401FT52
#2: タンパク質 CRISPR-associated RAMP family protein


分子量: 183933.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
遺伝子: DENIS_1082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401FT36
#3: RNA鎖 RNA (38-MER)


分子量: 12134.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of Cas7-11_crRNA_TPR-CHAT / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2, #1, #3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 960 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 53.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78984 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00317379
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59223585
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.1682625
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042501
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042936

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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