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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wk3 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the proximal rod-export apparatus and FlgF within the motor-hook complex in the CW state | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / Flagellum / Flagellar motor / Proximal rod / Export apparatus / FlgF | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / cytoskeletal motor activity / protein secretion / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein targeting ...bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / cytoskeletal motor activity / protein secretion / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein targeting / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tan, J.X. / Zhang, L. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the proximal rod-export apparatus and FlgF within the motor-hook complex in the CW state 著者: Tan, J.X. / Zhang, L. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wk3.cif.gz | 956.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wk3.ent.gz | 750.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wk3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wk3_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wk3_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wk3_validation.xml.gz | 125.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wk3_validation.cif.gz | 198.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wk3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 22分子 KLMNOPQRSTUcegikbhdfjl
#1: タンパク質 | 分子量: 11087.662 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P26462 #2: タンパク質 | 分子量: 15145.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P16437 #6: タンパク質 | 分子量: 61295.645 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P15928 |
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-Flagellar biosynthetic protein ... , 3種, 10分子 EIHGFJCABD
#3: タンパク質 | 分子量: 28938.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P54702 | ||
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#4: タンパク質 | 分子量: 26801.086 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P54700 #5: タンパク質 | 分子量: 9606.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P0A1L5 |
-Flagellar basal-body rod protein ... , 2種, 11分子 aYZVXWmnopq
#7: タンパク質 | 分子量: 13991.889 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P0A1I7 #8: タンパク質 | 分子量: 26121.223 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P16323 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: C ring-containing flagellar motor-hook complex in the CW state タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: This sample was prepared by incubating the C ring-containing flagellar motor-hook complex with the constitutively active mutant of CheY (CheY**) | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 46058 / 詳細: Particles were manually picked using cryoSPARC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24190 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: Model-Angelo / Source name: Other / タイプ: in silico model |