PDB-8whh: Crystal structure of Se-Met derivative CLASP2 in complex with CLIP170

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8whh

タイトル

Crystal structure of Se-Met derivative CLASP2 in complex with CLIP170

要素

CLIP-associating protein 2
CLIP1 protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

presynaptic cytoskeleton organization / cortical microtubule plus-end / negative regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / vesicle targeting / microtubule anchoring / basal cortex / positive regulation of extracellular matrix disassembly / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / microtubule organizing center organization / kinetochore microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.801 Å

データ登録者

Jin, G. / Wei, Z.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31971131	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170697	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32370743	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32371009	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: CLASP-mediated competitive binding in protein condensates directs microtubule growth.
著者: Jia, X. / Lin, L. / Guo, S. / Zhou, L. / Jin, G. / Dong, J. / Xiao, J. / Xie, X. / Li, Y. / He, S. / Wei, Z. / Yu, C.

履歴

登録	2023年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8whh.cif.gz	530.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8whh.ent.gz	443.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8whh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8whh_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8whh_full_validation.pdf.gz	486.6 KB	表示
XML形式データ	8whh_validation.xml.gz	41.8 KB	表示
CIF形式データ	8whh_validation.cif.gz	57.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/8whh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/8whh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8whiC 8whjC 8whkC 8whlC 8whmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CLIP-associating protein 2

E: CLIP1 protein

F: CLIP1 protein

B: CLIP-associating protein 2

C: CLIP-associating protein 2

D: CLIP-associating protein 2

G: CLIP1 protein

H: CLIP1 protein

157 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: CLIP-associating protein 2

G: CLIP1 protein

H: CLIP1 protein

A: CLIP-associating protein 2

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Two heterotetramers in one ASU are formed by chains B/C/E/F and chains A/D/G/H, respectively. To generate the proper heterotetramers, the symmetry mates of chains A and C in ...根拠: gel filtration, Two heterotetramers in one ASU are formed by chains B/C/E/F and chains A/D/G/H, respectively. To generate the proper heterotetramers, the symmetry mates of chains A and C in the coordinate should be used.
78.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: CLIP1 protein

F: CLIP1 protein

B: CLIP-associating protein 2

C: CLIP-associating protein 2

登録者が定義した集合体
78.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.115, 100.826, 226.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CLIP-associating protein 2 / Cytoplasmic linker-associated protein 2 / Protein Orbit homolog 2 / hOrbit2 分子量: 26678.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLASP2, KIAA0627 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75122
#2: タンパク質	CLIP1 protein 分子量: 12689.077 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P5Z9
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 37419 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.137 / Χ²: 0.623 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 291365

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.8-3.87	8	1.212	1873	0.838	0.955	0.453	1.295	0.472	100
3.87-3.94	8	1.041	1857	0.806	0.945	0.387	1.111	0.707	100
3.94-4.01	8.1	0.891	1887	0.915	0.977	0.33	0.951	0.472	100
4.01-4.09	8	0.656	1869	0.953	0.988	0.246	0.701	0.467	100
4.09-4.18	8.1	0.611	1871	0.955	0.988	0.228	0.653	0.475	100
4.18-4.28	8	0.538	1868	0.947	0.986	0.201	0.574	0.488	100
4.28-4.39	7.9	0.447	1862	0.945	0.986	0.168	0.478	0.485	100
4.39-4.5	7.9	0.378	1878	0.962	0.99	0.142	0.405	0.514	100
4.5-4.64	7.9	0.354	1872	0.969	0.992	0.133	0.379	0.528	100
4.64-4.79	7.8	0.309	1875	0.982	0.995	0.118	0.331	0.509	100
4.79-4.96	7.7	0.274	1863	0.987	0.997	0.105	0.294	0.549	99.9
4.96-5.16	7.1	0.234	1865	0.99	0.997	0.093	0.252	0.578	99.8
5.16-5.39	6.9	0.25	1872	0.986	0.996	0.101	0.27	0.568	99.9
5.39-5.67	7.2	0.295	1869	0.969	0.992	0.118	0.318	0.498	100
5.67-6.03	8.1	0.277	1891	0.982	0.995	0.103	0.295	0.544	100
6.03-6.49	8.1	0.2	1838	0.988	0.997	0.074	0.213	0.561	100
6.49-7.15	8.1	0.116	1894	0.996	0.999	0.043	0.124	0.641	100
7.15-8.18	7.9	0.077	1850	0.998	0.999	0.029	0.083	0.798	99.9
8.18-10.29	7.1	0.055	1876	0.998	1	0.022	0.059	1.123	99.9
10.29-50	7.6	0.054	1889	0.997	0.999	0.022	0.058	1.553	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.801→49.427 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	1858	4.99 %
R_work	0.2168	-	-
obs	0.2193	37252	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.801→49.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10075	0	0	0	10075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	13774
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.795	3874
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	1679
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1768

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.8014-3.9042	0.342	144	0.3153	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9042-4.019	0.3014	144	0.2757	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
4.019-4.1487	0.3124	148	0.2675	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1487-4.2969	0.2807	141	0.2532	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2969-4.4688	0.2476	142	0.2285	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4688-4.672	0.2681	146	0.2159	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.672-4.9182	0.2728	145	0.216	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9182-5.226	0.3275	143	0.2249	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
5.226-5.629	0.2772	142	0.2532	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
5.629-6.1944	0.3789	147	0.266	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1944-7.0885	0.2845	139	0.2354	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0885-8.9223	0.2415	136	0.1894	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9223-49.427	0.2192	141	0.1701	2697	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9808	-0.6958	-0.6035	0.8543	1.1321	1.781	-0.0071	-0.6903	0.3045	-1.0769	0.1837	-0.3464	0.0792	1.1047	-0.3869	2.6049	0.9137	0.2824	3.5803	-1.1831	0.4124	43.2571	60.8342	-3.9753
2	4.1809	2.4751	-2.9071	7.2146	-3.8003	5.532	0.5155	-3.7116	0.5412	-0.8372	-0.3194	0.759	1.9864	0.0009	0.3583	1.7057	0.166	-0.0528	2.266	0.414	1.0655	51.2658	55.1991	-7.6686
3	8.134	0.3792	-3.2205	5.9599	1.0506	6.4435	-0.7497	-0.4877	-0.5766	0.2199	0.4765	-0.1688	0.2614	0.3563	0.3176	1.1611	0.2849	0.0599	1.5062	0.097	0.8542	47.463	59.061	-19.9498
4	6.9616	2.2104	-0.7656	6.4757	-3.4507	3.3499	-0.2239	0.0684	-0.0694	-0.2144	-0.0189	0.3043	0.2425	0.7059	0.2947	1.1185	0.183	0.0154	0.8041	-0.0556	0.9937	51.7673	59.648	-44.4914
5	-0.7445	-0.1699	0.3535	0.8038	-2.6445	4.5851	-0.5552	0.1284	-0.0227	-0.6509	0.2426	-0.1939	1.272	-1.3924	0.2772	1.8668	-0.0279	0.027	1.7555	0.3972	1.3206	29.9669	56.7375	-8.8166
6	0.0554	0.1988	0.8858	1.8407	-4.0448	6.7179	-0.0101	-0.0222	-0.2236	0.864	-0.3828	0.01	-1.5719	1.3849	0.4296	1.8232	0.355	0.2787	1.4033	0.2659	1.2304	29.8219	58.2362	-8.3225
7	6.6325	-3.1859	-1.4632	7.6817	-0.2891	5.82	1.2344	2.8181	0.2328	0.4386	-3.0752	1.6849	-0.7033	1.0415	1.4137	1.4779	-0.0992	-0.2307	2.8428	-0.0336	0.7784	5.727	40.2281	11.3812
8	8.497	0.2867	2.5543	5.5757	1.402	5.0916	-0.4774	1.8979	0.6939	0.0091	0.1708	-0.0907	-0.2826	-0.2859	0.362	1.0637	-0.0483	-0.0769	1.2513	0.1578	0.9455	4.9237	41.0141	30.7705
9	8.008	-3.593	0.7372	5.5272	-5.4725	8.1282	-0.225	-0.6579	0.2454	1.6279	-0.3335	0.5107	-0.6668	0.5504	0.5032	1.1938	-0.203	0.1138	0.7695	-0.2459	1.1639	12.089	41.2346	54.3466
10	7.8784	3.8356	4.4413	3.5178	4.4775	6.2655	-0.4077	-0.5696	1.0231	0.0018	-1.1977	2.0812	-0.9715	-0.921	0.8486	0.6963	0.7499	0.6764	2.3931	0.3528	2.974	-25.3867	46.7706	13.315
11	2.2431	3.2047	-2.2667	6.0911	-6.0438	7.4305	1.3122	1.9374	0.0297	1.0244	0.9415	2.3716	-0.3749	-2.4291	-1.7584	1.6842	-0.1288	-0.0337	3.2457	0.477	1.8156	-34.4244	40.5506	11.3216
12	6.4298	1.958	-1.8626	7.8797	-3.1214	6.4553	-1.0171	1.7418	-0.6328	0.0253	0.5044	0.5135	-0.6409	-0.9776	0.5488	0.968	0.1114	0.1739	1.4783	-0.2377	1.6723	-28.6399	33.37	20.0527
13	5.5343	-0.8616	-2.3208	3.8609	-2.314	4.5945	0.5317	0.0881	-1.6552	0.423	0.47	2.0648	0.715	0.5512	-0.7614	1.6949	-0.2566	0.3344	1.0364	-0.4734	1.87	-33.2357	27.6976	31.0758
14	5.4088	-0.0479	1.6747	6.6263	-2.0866	3.8211	-1.0108	2.1133	-1.8606	-2.5325	2.2717	1.247	-0.6974	0.5252	-0.8202	0.9923	-0.3843	0.6545	1.0843	-0.7076	2.9563	-36.1897	20.8181	32.3324
15	3.769	4.9891	1.411	6.6352	2.6023	6.9077	-0.2025	-0.4665	-3.0238	-1.4582	1.9959	-0.4913	-0.4646	1.9884	-0.6984	1.9864	0.4462	-0.1276	1.5726	-0.4207	2.4638	-33.2131	14.9885	41.052
16	4.5523	0.5244	-1.582	4.8152	0.5884	5.9449	-0.2215	1.069	-1.3042	-0.2936	0.4295	-1.9882	1.4475	-1.1894	-0.4385	1.5956	0.001	0.3611	0.8031	0.0573	1.8192	-43.8603	13.4438	42.7863
17	0.9738	-0.7477	1.2118	2.009	-3.3373	5.5423	1.0876	-0.6392	-0.9853	-0.1962	-0.1029	0.8662	1.1123	-0.0849	-0.6808	0.2533	-0.4396	-1.3909	2.1069	0.8401	2.5466	16.8413	54.456	-2.095
18	8.4806	-5.8519	1.0771	5.4067	-2.0147	1.7776	0.2737	-3.3233	-3.546	-0.6021	0.6188	2.9906	0.4377	-0.0522	-1.0381	1.1844	-0.3286	-0.0309	2.2192	0.7138	2.8228	10.9048	54.4099	-7.6833
19	2.6133	-3.3561	-1.1235	9.5341	-3.1393	6.5991	-0.7839	-2.83	2.5518	0.9385	0.8627	0.2968	-0.1534	1.9924	0.2979	1.5224	-0.7761	-0.1949	2.6545	-0.2266	1.6081	17.9512	63.7504	-8.7458
20	0.0559	-0.1743	-0.1736	3.113	-5.4826	1.9952	-1.1983	-2.2681	2.4237	-0.1251	1.1883	1.2655	2.1133	-0.9701	0.3749	0.7102	0.1568	0.2059	1.912	-0.0495	2.4436	7.6768	62.2161	-13.4356
21	5.0532	0.1742	2.3698	4.0936	0.9739	5.8231	0.9768	-0.9743	-1.2413	0.3279	0.1231	-0.1321	0.0593	-0.0662	-1.1357	1.6174	0.0615	-0.2031	1.0692	0.0144	1.6662	9.8091	67.6505	-20.1862
22	3.1423	0.1944	0.548	3.3165	-1.9449	5.0868	-0.0747	-0.1976	1.3956	-0.8647	0.4369	-0.5288	-1.8832	-0.5216	-0.1484	1.3868	-0.1321	-0.3007	1.1995	-0.2465	2.026	7.1007	82.1211	-31.3787
23	3.8825	-1.8581	-5.2275	4.3333	3.1067	7.1404	-0.8491	-1.0178	3.0309	-0.9291	0.5978	-0.2115	-3.1997	0.5078	0.9562	2.3467	0.0548	-1.6185	1.9183	0.1852	2.1177	-7.0529	86.4181	-36.8403
24	0.07	0.3838	-0.5321	0.6307	-3.176	8.1197	-0.3174	-0.0871	-0.0329	0.5595	0.3064	0.0478	-1.0054	-0.7064	-0.2247	2.0923	0.4485	0.0471	1.4287	0.194	1.4118	-12.9592	43.1825	13.9196
25	0.4661	-0.1085	0.1251	3.3894	-5.0948	7.7064	-0.504	0.0976	0.1321	-0.672	-0.205	-0.2788	1.315	-0.3496	0.4276	1.497	-0.2211	-0.2095	1.0901	-0.0549	1.2654	-13.0324	40.9236	15.0539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1256 through 1271 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1272 through 1292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1293 through 1371 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1372 through 1477 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 349 through 451 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 349 through 450 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1257 through 1291 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1292 through 1408 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1409 through 1477 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1257 through 1271 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1272 through 1292 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1293 through 1351 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1352 through 1391 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1392 through 1408 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1409 through 1431 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1432 through 1477 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1256 through 1265 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 1266 through 1292 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 1293 through 1310 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 1311 through 1331 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1332 through 1370 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 1371 through 1462 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 1463 through 1477 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 349 through 453 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'H' and (resid 348 through 450 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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