PDB-8whi: Crystal structure of native CLASP2 in complex with CLIP170

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8whi

タイトル

Crystal structure of native CLASP2 in complex with CLIP170

要素

CLIP-associating protein 2
CLIP1 protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

presynaptic cytoskeleton organization / cortical microtubule plus-end / negative regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / vesicle targeting / microtubule anchoring / basal cortex / positive regulation of extracellular matrix disassembly / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / microtubule organizing center organization / kinetochore microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.853 Å

データ登録者

Jin, G. / Wei, Z.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31971131	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32170697	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32370743	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32371009	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: CLASP-mediated competitive binding in protein condensates directs microtubule growth.
著者: Jia, X. / Lin, L. / Guo, S. / Zhou, L. / Jin, G. / Dong, J. / Xiao, J. / Xie, X. / Li, Y. / He, S. / Wei, Z. / Yu, C.

履歴

登録	2023年9月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8whi.cif.gz	197.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8whi.ent.gz	156.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8whi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8whi_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8whi_full_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示
XML形式データ	8whi_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	8whi_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/8whi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/8whi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8whhC 8whjC 8whkC 8whlC 8whmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CLIP-associating protein 2

E: CLIP1 protein

F: CLIP1 protein

ヘテロ分子

52.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.624, 85.545, 114.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CLIP-associating protein 2 / Cytoplasmic linker-associated protein 2 / Protein Orbit homolog 2 / hOrbit2 分子量: 26443.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLASP2, KIAA0627 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75122
#2: タンパク質	CLIP1 protein 分子量: 12689.077 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P5Z9
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5, and 25% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 44523 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1.058 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 312929

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	6.8	1.686	2189	0.576	0.855	0.714	1.835	0.906	99.9
1.88-1.92	7.3	1.444	2176	0.695	0.906	0.586	1.56	0.935	100
1.92-1.95	7.3	1.21	2189	0.785	0.938	0.489	1.307	0.953	100
1.95-1.99	7.3	1.005	2201	0.827	0.952	0.407	1.086	0.948	100
1.99-2.04	7.2	0.781	2196	0.875	0.966	0.319	0.845	0.992	100
2.04-2.08	7.1	0.658	2206	0.898	0.973	0.271	0.712	1.016	100
2.08-2.14	7	0.516	2182	0.917	0.978	0.214	0.56	1.075	100
2.14-2.19	6.7	0.391	2220	0.923	0.98	0.167	0.426	1.144	100
2.19-2.26	6.7	0.327	2190	0.961	0.99	0.14	0.356	1.164	100
2.26-2.33	7.1	0.291	2216	0.969	0.992	0.119	0.315	1.178	100
2.33-2.41	7.3	0.235	2218	0.981	0.995	0.094	0.254	1.253	100
2.41-2.51	7.3	0.198	2208	0.985	0.996	0.079	0.213	1.236	100
2.51-2.63	7.2	0.168	2214	0.989	0.997	0.068	0.181	1.207	100
2.63-2.76	7	0.148	2229	0.991	0.998	0.06	0.16	1.205	100
2.76-2.94	6.6	0.115	2222	0.994	0.998	0.048	0.125	1.117	100
2.94-3.16	7.3	0.1	2235	0.995	0.999	0.039	0.107	1.038	100
3.16-3.48	7.3	0.085	2246	0.996	0.999	0.033	0.092	1.047	100
3.48-3.99	6.9	0.068	2258	0.996	0.999	0.027	0.073	0.884	100
3.99-5.02	6.7	0.06	2306	0.997	0.999	0.024	0.065	0.912	100
5.02-50	6.5	0.06	2422	0.997	0.999	0.025	0.065	0.948	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.853→26.312 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2369	1995	4.5 %
R_work	0.1913	-	-
obs	0.1933	44369	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.853→26.312 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3447	0	19	260	3726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.131	4817
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.524	1423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.853-1.899	0.3816	133	0.2998	2841	X-RAY DIFFRACTION	95
1.899-1.9504	0.3295	140	0.2852	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9504-2.0077	0.3251	141	0.2654	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0077-2.0725	0.3197	140	0.2514	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0725-2.1466	0.2871	142	0.2285	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1466-2.2325	0.2681	143	0.2057	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2325-2.334	0.2864	143	0.2028	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.334-2.457	0.2395	141	0.1917	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.457-2.6108	0.2516	143	0.1992	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6108-2.8122	0.2514	143	0.2041	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8122-3.0948	0.2349	144	0.1986	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0948-3.5416	0.1981	145	0.1879	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5416-4.4586	0.2042	145	0.1553	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4586-26.312	0.2199	152	0.1734	3230	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6812	3.241	-0.0651	5.1463	-2.8909	6.1597	0.3708	-1.0278	0.6468	1.2479	0.2216	-0.1252	-0.4866	0.4889	-0.4976	0.5158	-0.1525	-0.0128	0.5112	-0.0122	0.2964	33.4618	5.1897	143.4752
2	2.7094	-1.9308	-0.899	2.0857	-0.4783	2.7063	-0.177	-1.2433	0.5922	1.01	-0.1301	0.1038	-0.2915	-0.1004	0.2019	0.5395	-0.1596	-0.006	0.517	-0.1593	0.4131	26.4947	-0.3191	140.961
3	3.6098	0.9027	0.8066	3.9748	0.5301	5.2844	0.0154	-0.1342	0.4137	-0.1069	-0.2128	0.1433	-0.4501	0.0583	0.1503	0.1986	-0.0033	-0.0332	0.2144	-0.0381	0.2019	28.2516	3.3928	128.7337
4	7.0503	-0.7641	0.4818	4.4334	0.7917	5.9159	0.0632	-0.1444	-0.3632	-0.1074	-0.1069	0.3647	0.2818	-0.2669	0.0402	0.2858	-0.0102	-0.0444	0.2349	-0.0252	0.1798	24.7782	-7.2015	124.118
5	2.3281	0.0329	1.8961	2.3237	1.0266	5.2272	-0.1356	-0.0418	0.5282	-0.2316	-0.0657	0.0496	-0.6447	-0.5992	0.2038	0.4005	0.0545	-0.0715	0.3222	0.022	0.2916	19.9075	2.2919	109.0684
6	4.0301	-2.0058	1.5641	4.5037	0.2907	4.9529	0.1845	0.0279	0.0968	-0.4765	-0.2249	0.5449	-0.0651	-0.9489	0.0759	0.4236	0.0187	-0.1274	0.5077	-0.0073	0.289	12.5008	-5.7438	100.4097
7	0.8592	0.2793	-3.1442	-0.217	-0.4446	8.8659	-0.1206	0.0208	-0.0743	0.0258	-0.0371	0.0515	0.1365	-0.3117	0.0276	0.5239	0.1687	0.0728	0.6117	0.0169	0.2982	0.2877	-27.4166	164.1321
8	1.0526	0.5393	-2.8925	0.2812	-1.3675	8.0632	-0.0282	-0.1142	0.0008	-0.0386	0.0117	0.0557	0.1542	0.211	0.0218	0.3421	0.0636	0.016	0.3693	-0.0021	0.2755	5.9235	-28.2599	160.2564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1250 through 1271 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1272 through 1292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1293 through 1351 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1352 through 1371 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1372 through 1431 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1432 through 1478 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 350 through 447 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'F' and (resid 350 through 454 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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