PDB-8wcp: Cryo-EM structure of human disease-associated P301L Tau amyloid f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wcp

タイトル

Cryo-EM structure of human disease-associated P301L Tau amyloid fibril from mouse brain

要素

Island A
Island B
P301L Tau amyloid fibril from rTg4510 mice

キーワード

PROTEIN FIBRIL / amyloid

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å

データ登録者

Liu, K.E. / Zhao, W.B. / Liu, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures reveal variant Tau amyloid fibrils between the rTg4510 mouse model and sporadic human tauopathies.
著者: Wanbing Zhao / Kaien Liu / Yun Fan / Qinyue Zhao / Youqi Tao / Mengwei Zhang / Linhua Gan / Wenbo Yu / Bo Sun / Dan Li / Cong Liu / Jian Wang /

履歴

登録	2023年9月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wcp.cif.gz	58.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wcp.ent.gz	35.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wcp_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wcp_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8wcp_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	8wcp_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/8wcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/8wcp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	37445MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: P301L Tau amyloid fibril from rTg4510 mice

D: Island B

H: Island A

B: P301L Tau amyloid fibril from rTg4510 mice

E: Island B

G: Island A

C: P301L Tau amyloid fibril from rTg4510 mice

F: Island B

I: Island A

125 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	P301L Tau amyloid fibril from rTg4510 mice 分子量: 40089.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: タンパク質・ペプチド	Island B 分子量: 869.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	Island A 分子量: 783.958 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Tau / タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 55 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
らせん対称	回転角度/サブユニット: -1.36 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.78 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成	解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92188 / 対称性のタイプ: HELICAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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