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- PDB-8wb4: Structure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wb4
タイトルStructure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 21
  • ACPII-1
  • ACPII-2
  • ACPII-3
  • ACPII-4
  • ACPII-5
  • ACPII-6
  • CCPII-S
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem II
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plastid / chlorophyll binding ...thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plastid / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily ...Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8CT / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IHT / Chem-II0 / Chem-II3 / Chlorophyll c2 ...Chem-8CT / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IHT / Chem-II0 / Chem-II3 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Photosystem II cytochrome c550 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center M
類似検索 - 構成要素
生物種Chroomonas placoidea (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Li, X.Y. / Mao, Z.Y. / Shen, J.R. / Han, G.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure and distinct supramolecular organization of a PSII-ACPII dimer from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea.
著者: Zhiyuan Mao / Xingyue Li / Zhenhua Li / Liangliang Shen / Xiaoyi Li / Yanyan Yang / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han /
要旨: Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin ...Cryptophyte algae are an evolutionarily distinct and ecologically important group of photosynthetic unicellular eukaryotes. Photosystem II (PSII) of cryptophyte algae associates with alloxanthin chlorophyll a/c-binding proteins (ACPs) to act as the peripheral light-harvesting system, whose supramolecular organization is unknown. Here, we purify the PSII-ACPII supercomplex from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea (C. placoidea), and analyze its structure at a resolution of 2.47 Å using cryo-electron microscopy. This structure reveals a dimeric organization of PSII-ACPII containing two PSII core monomers flanked by six symmetrically arranged ACPII subunits. The PSII core is conserved whereas the organization of ACPII subunits exhibits a distinct pattern, different from those observed so far in PSII of other algae and higher plants. Furthermore, we find a Chl a-binding antenna subunit, CCPII-S, which mediates interaction of ACPII with the PSII core. These results provide a structural basis for the assembly of antennas within the supercomplex and possible excitation energy transfer pathways in cryptophyte algal PSII, shedding light on the diversity of supramolecular organization of photosynthetic machinery.
履歴
登録2023年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
m: Photosystem II reaction center M
M: Photosystem II reaction center M
1: ACPII-1
2: ACPII-2
3: ACPII-3
4: ACPII-4
5: ACPII-5
6: ACPII-6
A: Photosystem II protein D1
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
O: Photosystem II reaction center protein O
Q: Photosystem II reaction center protein Q
R: Photosystem II reaction center protein R
S: CCPII-S
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II reaction center protein U
V: Photosystem II cytochrome c550
X: Photosystem II reaction center X protein
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
Z: Photosystem II reaction center protein Z
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
g: Photosystem II reaction center protein G
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
o: Photosystem II reaction center protein O
r: Photosystem II reaction center protein R
u: Photosystem II reaction center protein U
v: Photosystem II cytochrome c550
x: Photosystem II reaction center X protein
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
z: Photosystem II reaction center protein Z
0: ACPII-4
7: ACPII-1
8: ACPII-2
9: ACPII-3
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
G: Photosystem II reaction center protein G
L: Photosystem II reaction center protein L
P: ACPII-6
a: Photosystem II protein D1
h: Photosystem II reaction center protein H
p: ACPII-5
q: Photosystem II reaction center protein Q
s: CCPII-S
t: Photosystem II reaction center protein T
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
w: Photosystem II reaction center protein W
W: Photosystem II reaction center protein W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,332,326436
ポリマ－1,040,24660
非ポリマー292,079376
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
Photosystem II ... , 21種, 42分子 mMAaDdHhIiJjKkOoQqRrTtUuVvXxYy...

#1: タンパク質 Photosystem II reaction center M


分子量: 11880.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Author stated: We did not find the sequence of chain m,M in the transcriptome of Chroomonas placoidea, so the sequence in Guillardia theta (strain CCMP2712) (tax id 905079) was used.
由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: L1IFP3
#8: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 39590.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI41, photosystem II
#9: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39216.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI37, photosystem II
#12: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7519.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIE4
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4424.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI80
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 3964.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI54
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 5005.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIA0
#16: タンパク質 Photosystem II reaction center protein O


分子量: 34995.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Q


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein R


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3664.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AID2
#21: タンパク質 Photosystem II reaction center protein U


分子量: 15962.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#22: タンパク質 Photosystem II cytochrome c550


分子量: 17708.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI35
#23: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 4149.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI61
#24: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3763.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI69
#25: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6573.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI96
#26: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56354.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIE3
#27: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 50508.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI36
#28: タンパク質 Photosystem II reaction center protein G


分子量: 5464.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#29: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4363.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI58
#30: タンパク質 Photosystem II reaction center protein W


分子量: 11994.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)

-
タンパク質 , 7種, 14分子 172839405p6PSs

#2: タンパク質 ACPII-1


分子量: 25151.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#3: タンパク質 ACPII-2


分子量: 23471.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#4: タンパク質 ACPII-3


分子量: 24055.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#5: タンパク質 ACPII-4


分子量: 23734.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#6: タンパク質 ACPII-5


分子量: 23762.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#7: タンパク質 ACPII-6


分子量: 23923.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#19: タンパク質 CCPII-S


分子量: 30531.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#10: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9505.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI74
#11: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4845.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI51

-
糖 , 1種, 10分子

#45: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 16種, 366分子

#31: 化合物...
ChemComp-8CT / (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物...
ChemComp-II0 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Alloxanthin / アロキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物
ChemComp-II3 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Monadoxanthin / モナドキサンチン


分子量: 566.856 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物
ChemComp-IHT / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Allobetaxanthin / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#37: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#38: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#39: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#40: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#41: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#42: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#43: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#44: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#46: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#47: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of PSII-ACPII supercomplex from cryptophyte algae
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#30 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305400 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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