[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8w78: Structure of Drosophila melanogaster L-2-hydroxyglutarate dehydro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8w78 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Drosophila melanogaster L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase in complex with FAD and 2-oxoglutarate | |||||||||
Components | FI05204p | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase / L2HGDH / dehydrogenase / 2-oxoglutarate | |||||||||
Function / homology | Function and homology information L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase / 2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity, forward reaction / Interconversion of 2-oxoglutarate and 2-hydroxyglutarate / 2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.81 Å | |||||||||
Authors | Yang, J. / Chen, X. / Jin, S. / Ding, J. | |||||||||
Funding support | China, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: Structure and biochemical characterization of l-2-hydroxyglutarate dehydrogenase and its role in the pathogenesis of l-2-hydroxyglutaric aciduria. Authors: Yang, J. / Chen, X. / Jin, S. / Ding, J. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8w78.cif.gz | 323.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8w78.ent.gz | 258.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8w78.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8w78_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8w78_full_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | |
Data in XML | 8w78_validation.xml.gz | 59.4 KB | Display | |
Data in CIF | 8w78_validation.cif.gz | 77.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w78 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8w75C 8w7fC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 45918.824 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) Gene: L2HGDH, CG10639-RA, dL2HGDH, Dmel\CG10639, L-2-HGDH, CG10639, Dmel_CG10639 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9VJ28, (S)-2-hydroxy-acid oxidase, L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Chemical | ChemComp-AKG / #4: Sugar | ChemComp-LMT / Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.35 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M magnesium formate and 18% (w/v) PEG 3350, 40 mM 2-OG |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 8, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.81→50 Å / Num. obs: 47660 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 3.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.81→31.67 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.05 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.81→31.67 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|