[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8w75: Structure of Drosophila melanogaster L-2-hydroxyglutarate dehydro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8w75 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Drosophila melanogaster L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase | |||||||||
Components | FI05204p | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase / L2HGDH / dehydrogenase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase / 2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity, forward reaction / Interconversion of 2-oxoglutarate and 2-hydroxyglutarate / 2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.85 Å | |||||||||
Authors | Yang, J. / Chen, X. / Jin, S. / Ding, J. | |||||||||
Funding support | China, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: Structure and biochemical characterization of l-2-hydroxyglutarate dehydrogenase and its role in the pathogenesis of l-2-hydroxyglutaric aciduria. Authors: Yang, J. / Chen, X. / Jin, S. / Ding, J. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8w75.cif.gz | 609.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8w75.ent.gz | 498.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8w75.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8w75_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8w75_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
Data in XML | 8w75_validation.xml.gz | 57 KB | Display | |
Data in CIF | 8w75_validation.cif.gz | 74.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w75 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8w78C 8w7fC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 45918.824 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) Gene: L2HGDH, CG10639-RA, dL2HGDH, Dmel\CG10639, L-2-HGDH, CG10639, Dmel_CG10639 Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9VJ28, (S)-2-hydroxy-acid oxidase, L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-FAD / #3: Sugar | ChemComp-LMT / Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.75 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M magnesium formate, 18% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 16, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.847→50 Å / Num. obs: 45678 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.85→31.91 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 32.32 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→31.91 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -16.6977 Å / Origin y: 10.2422 Å / Origin z: -24.1918 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |