ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.17.1_3660: ???)精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | HKL-2000 | | データ削減 | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→27.07 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.04 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.268 | 169 | 9.95 % |
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Rwork | 0.2214 | - | - |
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obs | 0.226 | 1698 | 97.64 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.71→27.07 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 328 | 4 | 6 | 338 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.004 | 366 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.64 | 560 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d34.534 | 154 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.03 | 64 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 16 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.26 | - | - |
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Rwork | 0.22 | - | - |
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obs | - | 1753 | 100 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.1394 | -0.2011 | 0.0912 | 0.4366 | -0.1791 | 0.0787 | -0.0592 | -0.0909 | -0.2566 | -0.312 | -0.0794 | 0.1152 | -0.0687 | 0.5311 | -0.0003 | 0.2184 | -0.0521 | -0.026 | 0.38 | 0.1118 | 0.276 | 15.4932 | -1.5525 | 12.0478 | 2 | 0.2695 | 0.2652 | -0.0571 | 0.283 | -0.08 | 0.0251 | 0.1214 | 0.3384 | 0.0286 | 0.4335 | 0.0889 | 0.1843 | 0.5336 | 0.8045 | 0.0253 | 0.3506 | 0.0905 | 0.0418 | 0.4992 | 0.0503 | 0.3525 | 16.041 | 2.622 | 13.1368 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'C' and (resid 1 through 8 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'D' and (resid 1 through 8 ) | |
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